1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tattaacatgacactttcaatagctttatgatcctgtcctcaatagtagtgtttcaaatggttgagatatatacttgaacctttgtttatatgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTCCTGATTCCATCAAGACATTTGGTGAAGCATTGGATACGACTCAGACCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G41550.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACTGATG-TGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|5606153|gb|AI900251.1|AI900251
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254340233|gb|GR858358.1|GR858358
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|207745279|gb|GD714527.1|GD714527
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254343943|gb|GR857699.1|GR857699
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|58022166|gb|CX708907.1|CX708907
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|18038916|gb|BM307210.1|BM307210
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|51334886|gb|CO978752.1|CO978752
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|14259501|gb|BG882409.1|BG882409
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|192322343|gb|FK014584.1|FK014584
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|5057670|gb|AI736146.1|AI736146
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTEST: gi|16341815|gb|BI967410.1|BI967410
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254343942|gb|GR857698.1|GR857698
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|209726276|gb|BW659602.1|BW659602
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254333390|gb|GR841252.1|GR841252
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: GTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|192307310|gb|FK001268.1|FK001268
genomic: GTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|6847800|gb|AW350090.1|AW350090
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGNNNGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|15285378|gb|BI469269.1|BI469269
genomic: CTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGNGTGGATGGNGGTTGGATATTNEST: gi|254333428|gb|GR841290.1|GR841290
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGG-GTGGATGG-GGTTGGATATT-
EST: TGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|24136817|gb|BU927327.1|BU927327
genomic: TGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254335644|gb|GR847172.1|GR847172
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|27424751|gb|CA936271.1|CA936271
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|15663915|gb|BI701286.1|BI701286
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|58022425|gb|CX709166.1|CX709166
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|193559061|gb|FK511718.1|FK511718
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAEST: gi|209717629|gb|BW653991.1|BW653991
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCA
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254335643|gb|GR847171.1|GR847171
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254343176|gb|GR859338.1|GR859338
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTEST: gi|254328699|gb|GR833071.1|GR833071
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
EST: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTTGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGT
gtagtgtttcaaatggttgagatatatacttgaacctttgtttatatgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTCCTGATTCCATCAAGACATTTGGTGAAGCATTGGATACGACTCAGACCA
tgttttc CT-rich tract
tttgtttatatgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattaacatgacactttcaatagctttatgatcctgtcctcaatagtagtgtttcaaatggttgagatatatacttgaacctttgtttatatgttttcagACTGTGCCGGCATCAAGCATCCCAGATGGGTGGATGGGGTTGGATATTGGTCCTGATTCCATCAAGACATTTGGTGAAGCATTGGATACGACTCAGACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - -acatgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggttgag