Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcttaccaaacaactgatagatatttttgttctagaagaggtattggaactgataatttgatacattatgctaatggtttttttcttgtggaaccaagGTATGCTTATGCTGTTGCATCTGCTGTGCATGGTGTGAGGCACATTCTGCGGAAAGACTTCATGTTACAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G37490.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192294296|gb|FG986385.1|FG986385
EST:     ATGAAAGAGGACCCAGAGACTGATAAAGCTTTTGGATGGGTGCTAGAAAT                         GTATGCTTATGCTGGTGCATCTGCTGTGCATGGTG
genomic: ATGAAAGAGGACCCAGAGACTGATAAAGCTTTTGGATGGGTGCTAGAAATgtatgtctta ... tggaaccaagGTATGCTTATGCTGTTGCATCTGCTGTGCATGGTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttggaactgataatttgatacattatgctaatggtttttttcttgtggaaccaagGTATGCTTATGCTGTTGCATCTGCTGTGCATGGTGTGAGGCACATTCTGCGGAAAGACTTCATGTTACAG
                         tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                  tttttttcttgt  putative PPT
         ataatttgatacatta  TA-rich tract