Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgtcgccaacttagaattttagttgataaaattaaatgacagctttgaacgggtgttttactgctcattggaactaattatttggtttttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGATCACCATTGATTGCATCCCGTAATTTTCCTTCAGAAATAAAATTTGCAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G01360.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17400645|gb|BM177427.1|BM177427
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|254322314|gb|GR837728.1|GR837728
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|7589397|gb|AW705172.1|AW705172
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|10253522|gb|BE821288.1|BE821288
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|192320916|gb|FK013110.1|FK013110
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|192333618|gb|FK025435.1|FK025435
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|6071202|gb|AW100589.1|AW100589
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|21677694|gb|BQ630045.1|BQ630045
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|254322313|gb|GR837727.1|GR837727
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|33388406|gb|CA851613.1|CA851613
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|15814678|gb|BI786953.1|BI786953
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|192333647|gb|FK025436.1|FK025436
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|14991330|gb|BI317003.1|BI317003
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|5677887|gb|AI939017.1|AI939017
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
EST: gi|14259406|gb|BG882314.1|BG882314
EST:     TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAG                         CTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT
genomic: TGGAGAAAGGCAAGCCTAAAGAATGTCCAGTGTGCTCACAGTATTTTAAGgtaagttgag ... ttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgaacgggtgttttactgctcattggaactaattatttggtttttctttacagCTCGAAGTGGTCGGACCTGGTGGTGATCCTTATGGACATGGAGATCATGATCACCATTGATTGCATCCCGTAATTTTCCTTCAGAAATAAAATTTGCAAA
                            aactaat  putative branch site (score: 2)
                                     tttggtttttcttt  putative PPT
                               taattatttggttttt  TA-rich tract