1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatccttttttgggtttttgtatttcacgtagtgagtgatgagtgaaaatctggaactactgggtctctattgtttaaatttattattaagtgtggtgctgtgtatattgtgttttaacctttatccacctagAAGTACCAACACAGACGATTCCAAACCTCAAAGGGTGGGGACACTTCCAAATTATGGATTCAGTTTTAAGTGTGGTGAAAGAGCTGAGAGGAGAAAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G14400.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
atttattattaagtgtggtgctgtgtatattgtgttttaacctttatccacctagAAGTACCAACACAGACGATTCCAAACCTCAAAGGGTGGGGACACTTCCAAATTATGGATTCAGTTTTAAGTGTGGTGAAAGAGCTGAGAGGAGAAAAGAG
tgttttaac putative branch site
cctttatcc putative PPT
tatattgtgttttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatccttttttgggtttttgtatttcacgtagtgagtgatgagtgaaaatctggaactactgggtctctattgtttaaatttattattaagtgtggtgctgtgtatattgtgttttaacctttatccacctagAAGTACCAACACAGACGATTCCAAACCTCAAAGGGTGGGGACACTTCCAAATTATGGATTCAGTTTTAAGTGTGGTGAAAGAGCTGAGAGGAGAAAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA