Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagctttcttatatggtaaaattaaccagagtatggtgctatactttaagagcagcaataatcttttcatttacaaaactttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGATTTTGAGAACAGCGAAGGTAATCTAGGTGTAGCTAATGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G06780.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G06780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g03330.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtgagctttcttatatggtaaaattaaccagagtatggtgctatactttaagagcagcaataatcttttcatttacaaaactttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGATTTTGAGAACAGCGAAGGTAATCTAGGTGTAGCTAATGGAG
|| ||   ||||| |||   |||| |     | |  | |  | |  | ||  |  |      ||| ||| |  | |||||  | ||  |||||  || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||   ||||||||||
gtaaggaatcttacatgaataaat-atttttattgggtttgtctcatatacaaataatgtggatcatttaacattcaaaa--tcttgagcagATAACAAAGGCTGGTGAGATTGGGTCTTCAACCATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGATTTCGAAAATAGTGAAGGTAATCTTGGTAAGGCTAATGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208303520|gb|GE101265.1|GE101265
EST:     CTTTGGGTTACTTTAAGCAG                         ACCACCAAGGCTGGAGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
genomic: CTTTGGGTTACTTTAAGCAGgtgagctttc ... ttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
EST: gi|151409195|gb|EV279003.1|EV279003
EST:     ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAG                         ACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
genomic: ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAGgtgagctttc ... ttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
EST: gi|21285329|gb|BQ473200.1|BQ473200
EST:     ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAG                         ACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
genomic: ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAGgtgagctttc ... ttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
EST: gi|51335938|gb|CO979804.1|CO979804
EST:     ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAG                         ACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
genomic: ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAGgtgagctttc ... ttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
EST: gi|16277667|gb|BI942500.1|BI942500
EST:     ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAG                         ACCACTAATGCTGGGGAGATTGTGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
genomic: ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAGgtgagctttc ... ttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT
EST: gi|16276249|gb|BI941758.1|BI941758
EST:     ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAG                         ACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACANAGTGAAT
genomic: ATTTTGATAGAGATGTGTGGGGCTATATATCTTTGGGTTACTTTAAGCAGgtgagctttc ... ttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgctatactttaagagcagcaataatcttttcatttacaaaactttttatgcagACCACTAAGGCTGGGGAGATTGGGTCATCAACTATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGATTTTGAGAACAGCGAAGGTAATCTAGGTGTAGCTAATGGAG
                                           ctttttat  CT-rich tract
                     aataatcttttcattt  TA-rich tract