1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGATGGTTTGTGGGATGTCTATAAGGATGTTGGCATGGGAGTGTGTGCTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G00760.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|7478350|gb|AW666230.1|AW666230
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCGTGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGAAGGGATGGTGAAAGAEST: gi|9986217|gb|BE660325.1|BE660325
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|10843553|gb|BF066841.1|BF066841
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|209700566|gb|BW670310.1|BW670310
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAEST: gi|19269211|gb|BM885467.1|BM885467
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGEST: gi|16348094|gb|BI973689.1|BI973689
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTG
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|19052939|gb|BM731606.1|BM731606
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|19935544|gb|BQ080482.1|BQ080482
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|120491397|gb|EH219564.1|EH219564
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTEST: gi|192312109|gb|FK003872.1|FK003872
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGT
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|193384949|gb|FK351921.1|FK351921
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCTAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192328380|gb|FK020091.1|FK020091
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|37993878|gb|CF805624.1|CF805624
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGGTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|193670964|gb|FK613800.1|FK613800
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192317815|gb|FK009407.1|FK009407
genomic: GGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192312110|gb|FK003873.1|FK003873
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192329988|gb|FK021574.1|FK021574
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|7233754|gb|AW569097.1|AW569097
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|13481409|gb|BG510752.1|BG510752
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|192302972|gb|FG996988.1|FG996988
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGAEST: gi|19345910|gb|BM890790.1|BM890790
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAG GAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTACCCAAGTACCTGGCTGAAGCAAGgtcaatattg ... aaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGA
ctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGATGGTTTGTGGGATGTCTATAAGGATGTTGGCATGGGAGTGTGTGCTGAG
tactaaa putative branch site (score: 1)
attcaatactaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcaatattgcctttaattcgacactctccttaagattagttcttgtgttgaaataaactgattcaatactaaaagttcagGAAAGGATCACGCCTTGGACATGATTCACTTGTTGATGGGATGTTGAAAGATGGTTTGTGGGATGTCTATAAGGATGTTGGCATGGGAGTGTGTGCTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG