1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tgttgtgtccaactgaatcatcatagtcataactgagaatggagaaatgagttgtatcaatgaattatcttgacttcttaatatgataactatttgtcagGGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGGTGTTCTTGTTGGCACGCCTGAAGAAGCTGTTGCACATTTCTTTGAAGTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G34500.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTGCCTACTTGTTCTCTCCTCTTGATGCCCTGACTGAAGAAATTCAGAG GGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGGEST: gi|209728242|gb|BW651677.1|BW651677
genomic: CCTGCCTACTTGTTCTCTCCTCTTGATGCCCTGACTGAAGAAATTCAGAGgttggtgaca ... tatttgtcagGGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGG
EST: CCTGCCTACTTGTTCTCTCCTCTTGATGCCCTGACTGAAGAAATTCAGAG GGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGG
genomic: CCTGCCTACTTGTTCTCTCCTCTTGATGCCCTGACTGAAGAAATTCAGAGgttggtgaca ... tatttgtcagGGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGG
aatgagttgtatcaatgaattatcttgacttcttaatatgataactatttgtcagGGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGGTGTTCTTGTTGGCACGCCTGAAGAAGCTGTTGCACATTTCTTTGAAGTA
tgataac putative branch site (score: 2)
ttcttaatatgataac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttgtgtccaactgaatcatcatagtcataactgagaatggagaaatgagttgtatcaatgaattatcttgacttcttaatatgataactatttgtcagGGTTGTGAGGTGTGCGGGACCTAGACGGCACATCCTTAATCTCGGACATGGTGTTCTTGTTGGCACGCCTGAAGAAGCTGTTGCACATTTCTTTGAAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
tgttgtg
- - - -tccaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgaa