Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattttttgttttctcattaaaattattacagatatatttgctcctttgtgagataacttattttttaacccacgttggaatcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAAAACTCATTGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv04s0008g00770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtattttttgttttct-cattaaaattattacagatatatttgctcctttgtgagat--aacttattttttaacccacgttggaa----tcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAAAACTCATTGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCC
|| ||   | |||  |   || || ||| |  ||     || |     || || |||   | || |   | |    | |||   |    |   || ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||
gtgttgcatctttattgtttttaacttactgtaggatagttggtctacttatgtgattggatttgtgcctgatttgaagtttacaaattttcaaacagGTCTTGTTGATTATGACATGCTTGAGAAAACAGCTAATCTTTTTCGACCAAAACTCATTATTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGAGATTTTGATTATCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193641953|gb|FK590259.1|FK590259
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|207847529|gb|GD820122.1|GD820122
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|18039880|gb|BM308174.1|BM308174
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|254335574|gb|GR847102.1|GR847102
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|193457759|gb|FK422797.1|FK422797
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|298190143|gb|HO032264.1|HO032264
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|208209797|gb|GE004404.1|GE004404
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
EST: gi|208324186|gb|GE121441.1|GE121441
EST:     CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAG                         GTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA
genomic: CACATCAATTTATTTTGAATCTATGCCTTATCGACTTGATGAATCAACAGgtattttttg ... atcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttgctcctttgtgagataacttattttttaacccacgttggaatcacaatagGTCTTATTGATTATGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAAAACTCATTGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCC
                            ttttaac  putative branch site (score: 2)
                agataacttatttttt  TA-rich tract