Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atctttagtatattaattaattaatctattaagtacgttttgttttatgcttttactgtttttttgtgatgctaacccttggtcgtacttggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATGCCTATGATTGATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G19500.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G19500.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G53620.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
---atc--tttagtatattaattaattaatctattaagtacgttttgttttatgcttttactgtttttttgtgatgctaacccttggtcgtacttggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATGCCTATGATTGATCAG
   |||  |  ||| ||| |      | | |   | |||  || || ||| |  ||  ||         | | |||  || | |  || | |  |  ||  |||||| || ||  | || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
ttaatcaatcaagtctataagcatcatcagcatctcagtctgtcttatttga--ctggtagaaaacacatctcatgtgaatctt--gttgaatatt-ttctacagGAACCGGTGATCCCAGGATGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTGATGCCAATGATTGATCAG

upper sequence: GLYMA13G19500.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-atctttagtatattaattaattaatctattaagtacgttttgtttta-tgcttttactgtttttttgtgatgctaacccttggtcgtacttggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATGCCTATGATTGATCAG
 || ||| | || |   ||  ||  |  ||     |  ||       | || || ||         | | ||  |  |   |||   | |     |  |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
aattttttggatgt-gcttggtttctgaatattccatattacaaagcaatggttataaatggaaactctcatattc-cttatggcttttcaaacatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATGCCTATGATTGATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298184004|gb|HO029217.1|HO029217
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|12489759|gb|BG043280.1|BG043280
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTC
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTC
EST: gi|192330021|gb|FK020837.1|FK020837
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|19346407|gb|BM891287.1|BM891287
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|37996937|gb|CF808526.1|CF808526
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|298181507|gb|HO022946.1|HO022946
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|298169347|gb|HO020707.1|HO020707
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|6133848|gb|AW132241.1|AW132241
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCANAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|9565429|gb|BE474938.1|BE474938
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCAGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|7587913|gb|AW703719.1|AW703719
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAA                         GAGCCAGTACTTACGGGTTGCTATCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|8403914|gb|BE059548.1|BE059548
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|192324146|gb|FK017877.1|FK017877
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|213593665|gb|DB971687.1|DB971687
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|209719745|gb|BW672120.1|BW672120
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|298178505|gb|HO024240.1|HO024240
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGG
EST: gi|17154018|gb|BM143951.1|BM143951
EST:     GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAG                         GAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtacttgaat ... ggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcttttactgtttttttgtgatgctaacccttggtcgtacttggttggacagGAGCCAGTTCTTCCGGGTTGCTTTCTTCGGGCCAAAGCTATTGGTCTCATGCCTATGATTGATCAG
                        tgctaac  putative branch site (score: 1)
     ttttactgttttttt  TA-rich tract