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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G04050.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G04050.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g46750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--gttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT
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gtgaggagctatttccttcttagctagaagtgtctttgctgattg---tccatttctaatcacacaactaacacacatcgtttttaa-attgcagCAAAGCTTGTGCCTGTGGGTTACGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTGACCATTGTTGATGACTTGGTGTCTGTGGATAGCCTTATCGAAGAACATCT

upper sequence: GLYMA13G04050.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0009g02410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
----------------------------------------gttgaactttg-ttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT
                                         |  |||     ||     ||| | ||    | || ||   || ||  |   ||  | ||  || || |   |||  | | | | |||   |||| ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||  || || | || |||  |||
gtatggtttgattattaatttaaacaccctttttccccccttcaaaccgaaattgaccattcttatattcttatgctgaccttgacaactgaatgct-tg--gttaatagt-tgtgctatggat-ttgttgcagCAAAATTGGCTCCAGTTGGTTATGGGATAAAGAAATTGCAGATCATGATGACCATTGTGGATGACCTTGTCTCTGTGGATTCCGTTATAGAAGAGCATCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254316442|gb|GR827979.1|GR827979
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|9819755|gb|BE555268.1|BE555268
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|17021388|gb|BM092422.1|BM092422
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31460901|gb|CD402929.1|CD402929
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCNAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31305560|gb|CD390763.1|CD390763
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31459210|gb|CD401238.1|CD401238
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|13252299|gb|BG363202.1|BG363202
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGT
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGT
EST: gi|192306122|gb|FG996568.1|FG996568
EST:     GAGGCTGCTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|13252205|gb|BG363108.1|BG363108
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTG
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTG
EST: gi|15814389|gb|BI786664.1|BI786664
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151408969|gb|EV278777.1|EV278777
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|26048117|gb|CA784705.1|CA784705
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|10845923|gb|BF068943.1|BF068943
EST:     GAG-CTGTTCGCAGTGT-GAGATGCCTGGTCT-TTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGT
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGT
EST: gi|15813521|gb|BI785796.1|BI785796
EST:     GAAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTT
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTT
EST: gi|9986890|gb|BE660998.1|BE660998
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGA
EST: gi|10709659|gb|BF009383.1|BF009383
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|6133790|gb|AW132183.1|AW132183
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151397794|gb|EV267667.1|EV267667
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31473939|gb|CD415967.1|CD415967
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|13479303|gb|BG508646.1|BG508646
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|12688092|gb|BG154428.1|BG154428
EST:     GCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31307258|gb|CD392461.1|CD392461
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31469136|gb|CD411164.1|CD411164
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCCAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254338855|gb|GR847572.1|GR847572
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31459147|gb|CD401175.1|CD401175
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|298194955|gb|HO043427.1|HO043427
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGAT
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGAT
EST: gi|31462250|gb|CD404278.1|CD404278
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|23054319|gb|BU577619.1|BU577619
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATG
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATG
EST: gi|192325397|gb|FK018368.1|FK018368
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192296410|gb|FG991604.1|FG991604
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151413223|gb|EV283031.1|EV283031
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192324601|gb|FK018727.1|FK018727
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|23729586|gb|BU762889.1|BU762889
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGA
EST: gi|24205230|gb|BU964483.1|BU964483
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|17153392|gb|BM143325.1|BM143325
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|10843550|gb|BF066838.1|BF066838
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|58017259|gb|CX704001.1|CX704001
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192300152|gb|FG989274.1|FG989274
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|24135799|gb|BU926309.1|BU926309
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254327235|gb|GR836844.1|GR836844
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192334025|gb|FK026182.1|FK026182
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31462427|gb|CD404455.1|CD404455
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192306121|gb|FG996567.1|FG996567
EST:     GAGGCTGCTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|209726225|gb|BW659577.1|BW659577
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151411456|gb|EV281267.1|EV281267
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|6915928|gb|AW397458.1|AW397458
EST:     GAAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCANACTGGTTCCTGTTGGGTTATGGGATCA-GAAGTTGCAGATCATGTTA
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EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
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EST: gi|151409806|gb|EV279614.1|EV279614
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
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EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31462672|gb|CD404700.1|CD404700
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
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EST: gi|11689694|gb|BF597370.1|BF597370
EST:     GAAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATN---                         C-AAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31464338|gb|CD406366.1|CD406366
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
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EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|24135645|gb|BU926155.1|BU926155
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|37994434|gb|CF806180.1|CF806180
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151397515|gb|EV267388.1|EV267388
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192334024|gb|FK026181.1|FK026181
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|213618417|gb|DB969387.1|DB969387
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|17963994|gb|BM270736.1|BM270736
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|298187275|gb|HO034424.1|HO034424
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGGTCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|120530743|gb|EH258876.1|EH258876
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151402451|gb|EV272264.1|EV272264
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192327289|gb|FK017766.1|FK017766
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|9439796|gb|BE440310.1|BE440310
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|209726224|gb|BW659576.1|BW659576
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT----                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|6726956|gb|AW311310.1|AW311310
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|15589739|gb|BI674355.1|BI674355
EST:     GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGC----AT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATGTATgttgaacttt ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT
                                            tgttgac  putative branch site (score: 3)
       ttcaatatattatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT

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