Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G04050.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G04050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g46750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT
   ||  || || | |   | ||  ||  || | ||| |  || ||    || || | | || |    |  ||||    | |||  |       |||| || || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | || |||||||| | |||| | || ||   |||
--gtgaggagctatttccttcttagctagaagtgtctttgctgattg---tccatttctaatcacacaactaacacacatcgtttttaa-attgcagCAAAGCTTGTGCCTGTGGGTTACGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTGACCATTGTTGATGACTTGGTGTCTGTGGATAGCCTTATCGAAGAACATCT

upper sequence: GLYMA13G04050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0009g02410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
--------------gtatgttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatat-attatgatgtgaacaac---atgttttgttggtg--------------ttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT
               ||  || |||    ||  |    |||  |||      |||    |   |  | | | ||  |||  |  |||||   ||| || |||  |               |||   |||| ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||  || || | || |||  |||
gtatggtttgattattaatttaaacaccctttttccccccttcaaaccgaaattgaccattcttatattcttatgctgaccttgacaactgaatgcttggttaatagttgtgctatggatttgttgcagCAAAATTGGCTCCAGTTGGTTATGGGATAAAGAAATTGCAGATCATGATGACCATTGTGGATGACCTTGTCTCTGTGGATTCCGTTATAGAAGAGCATCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10709659|gb|BF009383.1|BF009383
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254327235|gb|GR836844.1|GR836844
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31473939|gb|CD415967.1|CD415967
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192306121|gb|FG996567.1|FG996567
EST:     GGAAGAGGCTGCTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31462427|gb|CD404455.1|CD404455
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|24205230|gb|BU964483.1|BU964483
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31561951|gb|CD487789.1|CD487789
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|213618417|gb|DB969387.1|DB969387
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192327289|gb|FK017766.1|FK017766
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|26048117|gb|CA784705.1|CA784705
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151408969|gb|EV278777.1|EV278777
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31310439|gb|CD395642.1|CD395642
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192324601|gb|FK018727.1|FK018727
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|15813521|gb|BI785796.1|BI785796
EST:     GGAAGAAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTT
EST: gi|151411456|gb|EV281267.1|EV281267
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|120530743|gb|EH258876.1|EH258876
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|209726224|gb|BW659576.1|BW659576
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31475683|gb|CD417711.1|CD417711
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTTTTGGTTATGGG
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGG
EST: gi|192306122|gb|FG996568.1|FG996568
EST:     GGAAGAGGCTGCTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|17963994|gb|BM270736.1|BM270736
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|13252299|gb|BG363202.1|BG363202
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGT
EST: gi|19269800|gb|BM886056.1|BM886056
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTT
EST: gi|192334025|gb|FK026182.1|FK026182
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31459147|gb|CD401175.1|CD401175
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|9986890|gb|BE660998.1|BE660998
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGA
EST: gi|11689694|gb|BF597370.1|BF597370
EST:     GGAAGAAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         NCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192325397|gb|FK018368.1|FK018368
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31460901|gb|CD402929.1|CD402929
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCNAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|21888553|gb|BQ741766.1|BQ741766
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTT
EST: gi|15814389|gb|BI786664.1|BI786664
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192296410|gb|FG991604.1|FG991604
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254316443|gb|GR827980.1|GR827980
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|10845923|gb|BF068943.1|BF068943
EST:     GGAAGAG-CTGTTCGCAGTGT-GAGATGCCTGGTCT-TTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGT
EST: gi|31459210|gb|CD401238.1|CD401238
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|17021388|gb|BM092422.1|BM092422
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151397794|gb|EV267667.1|EV267667
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254338855|gb|GR847572.1|GR847572
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254327234|gb|GR836843.1|GR836843
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31469136|gb|CD411164.1|CD411164
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCCAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|13479303|gb|BG508646.1|BG508646
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151402451|gb|EV272264.1|EV272264
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|37994434|gb|CF806180.1|CF806180
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|23054319|gb|BU577619.1|BU577619
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATG
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATG
EST: gi|12688092|gb|BG154428.1|BG154428
EST:     GCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|21256433|gb|BQ453321.1|BQ453321
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCT
EST: gi|151413223|gb|EV283031.1|EV283031
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|298187275|gb|HO034424.1|HO034424
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGGTCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|15589739|gb|BI674355.1|BI674355
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|10843550|gb|BF066838.1|BF066838
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192300152|gb|FG989274.1|FG989274
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|13252205|gb|BG363108.1|BG363108
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTG
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTG
EST: gi|24135799|gb|BU926309.1|BU926309
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|208113688|gb|GD912965.1|GD912965
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGT
EST: gi|24135645|gb|BU926155.1|BU926155
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|58017259|gb|CX704001.1|CX704001
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|9819755|gb|BE555268.1|BE555268
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31462250|gb|CD404278.1|CD404278
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|192334024|gb|FK026181.1|FK026181
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|208329119|gb|GE128415.1|GE128415
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGT-GGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|19345952|gb|BM890832.1|BM890832
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTC
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTC
EST: gi|207788312|gb|GD762124.1|GD762124
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31462672|gb|CD404700.1|CD404700
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151397515|gb|EV267388.1|EV267388
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31307258|gb|CD392461.1|CD392461
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|31305560|gb|CD390763.1|CD390763
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|23729586|gb|BU762889.1|BU762889
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGA
EST: gi|31464338|gb|CD406366.1|CD406366
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|9439796|gb|BE440310.1|BE440310
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|6915928|gb|AW397458.1|AW397458
EST:     GGAAGAAGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCANACTGGTTCCTGTTGGGTTATGGGATCA-GAAGTTGCAGATCATGTTA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGG-TTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTA
EST: gi|17153392|gb|BM143325.1|BM143325
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|254316442|gb|GR827979.1|GR827979
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|209707192|gb|BW656810.1|BW656810
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|209726225|gb|BW659577.1|BW659577
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|151409806|gb|EV279614.1|EV279614
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|6726956|gb|AW311310.1|AW311310
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
EST: gi|298194955|gb|HO043427.1|HO043427
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGAT
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGAT
EST: gi|6133790|gb|AW132183.1|AW132183
EST:     GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA
genomic: GGAAGAGGCTGTTCGCAGTGTTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... gttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT
                                            tgttgac  putative branch site (score: 3)
       ttcaatatattatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttgaactttgttagtttttcctgtaaatatctgttgtgtttaacttcaatatattatgatgtgaacaacatgttttgttggtgttgacacagCCAAACTGGTTCCTGTTGGTTATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGTTAACTATTGTCGATGACCTTGTATCTGTGGACACCCTTGTTGAGGAGACTCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA