1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgtctcattatgtagtcattgatgactttctaatagtatttgtctccccttgttattttcccccctgtatttgtattgtaaggttttcctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGGATGAATCAGCTAATTTACCCTCAAACTTGGGCATTCACTCTAGTTGTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G28940.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTAGGTTCTCTAACG GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGGEST: gi|208147788|gb|GD951041.1|GD951041
genomic: TTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctca ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGG
EST: CACACATAATGGTTTATATCGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACG GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGGEST: gi|10236233|gb|BE805121.1|BE805121
genomic: CACACATAATGGTTTATATCGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctca ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGG
EST: CACACATAATGGTTTATATCGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACG GTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGG
genomic: CACACATAATGGTTTATATCGGTGTTTGTTCCCTTGTAGGTTCTCTAACGgtatgtctca ... cctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGG
tctccccttgttattttcccccctgtatttgtattgtaaggttttcctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGGATGAATCAGCTAATTTACCCTCAAACTTGGGCATTCACTCTAGTTGTAA
ttttccttt CT-rich tract
tatttgtattgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtctcattatgtagtcattgatgactttctaatagtatttgtctccccttgttattttcccccctgtatttgtattgtaaggttttcctttgacagGTTATGAGTGTTAAGGCTCTTGGAATTGTCATAAAGTTAACACTGTCGGGGATGAATCAGCTAATTTACCCTCAAACTTGGGCATTCACTCTAGTTGTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT