Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctttctttcaatgcttttcctctatgagttgtattcatttattctaaatcttaaccttttgcatatatgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G15470.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G15470.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g10840.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgctttctttcaa------tgcttttcctctatgagttgtattcatttattctaaatcttaaccttttgcatatatgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG
|||||  || | | ||      | | || | ||| |   |||   |  ||| || | || ||   |  |       |     |||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||
gtatgacttatgtgaacaaggctacattacttctcttgcttgg--ttgtttgttttgaa-ctggtctctaattgcttgctgatacagGTTGATCCTCTCACTCATCAAGTCAAGCTATGTGACTTTGGAAGTGCAAAGGTTCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208291209|gb|GE092863.1|GE092863
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|10237492|gb|BE806380.1|BE806380
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193547442|gb|FK501939.1|FK501939
EST:     GAGTTTGCCATAGGGATGTAAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: GAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193519296|gb|FK473171.1|FK473171
EST:     GAGTTTGCCATAGGGATGTAAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: GAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|208175296|gb|GD975963.1|GD975963
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|37994214|gb|CF805960.1|CF805960
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTNTGGGAGTGCCANA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|192301989|gb|FG995159.1|FG995159
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193431643|gb|FK395149.1|FK395149
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193309170|gb|FK273990.1|FK273990
EST:     CCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: CCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193514122|gb|FK466980.1|FK466980
EST:     ATACCGCCCTGCGAGTTTGCCATAGGGATGTAAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193345633|gb|FK313744.1|FK313744
EST:     CCTC-AAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: CCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|208072046|gb|GD871504.1|GD871504
EST:     CCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCCCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: CCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|208294438|gb|GE091681.1|GE091681
EST:     TACCGCCCTGCGAGTTTGCCATAGGGATGTAAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: TACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|254341725|gb|GR852862.1|GR852862
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
EST: gi|193588938|gb|FK540980.1|FK540980
EST:     ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGGAGCCTCAAAATCTTTTG                         GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA
genomic: ATACCGCACTGGGAGTTTGCCATAGGGATGTGAAGCCTCAAAATCTTTTGgtatgctttc ... atgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatgagttgtattcatttattctaaatcttaaccttttgcatatatgactacagGTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG
                           tcttaac  putative branch site (score: 2)
          tattcatttattctaa  TA-rich tract