1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aggaaacctcaacaattttagggctcagaactatggaagttgtcacgttaactaattggtttgctaatagttgatggcccatttgtgatttatgatgcagACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGACAAACAGATCAATAAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09700.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACGGCGCTTGACAATTGGTGCTGGGCTTGGGTTCAGCAGTCTTCGTGGA ACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTATAGCTCAGCAAGACEST: gi|254325740|gb|GR838621.1|GR838621
genomic: CACGGCGCTTGACAATTGGTGCTGGGCTTGGGTTCAGCAGTCTTCGTGGAgtaagtacaa ... tatgatgcagACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGAC
EST: CACGGCGCTTGACAATTGGTGCTGGGCTTGGGTTCAGCAGTCTTCGTGGA ACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGACEST: gi|9564538|gb|BE474047.1|BE474047
genomic: CACGGCGCTTGACAATTGGTGCTGGGCTTGGGTTCAGCAGTCTTCGTGGAgtaagtacaa ... tatgatgcagACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGAC
EST: CACGGCGCTTGACAATTGGTGCTGGGCTTGGGTTCAGCAGTCTTCGTGGA ACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGAC
genomic: CACGGCGCTTGACAATTGGTGCTGGGCTTGGGTTCAGCAGTCTTCGTGGAgtaagtacaa ... tatgatgcagACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGAC
cgttaactaattggtttgctaatagttgatggcccatttgtgatttatgatgcagACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGACAAACAGATCAATAAT
atttatgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggaaacctcaacaattttagggctcagaactatggaagttgtcacgttaactaattggtttgctaatagttgatggcccatttgtgatttatgatgcagACAAATGTTGACAAAGATCAAGTCAAGGCTGCTATTAAAGCTCAACAAGACAAACAGATCAATAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - -ctcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgatg