1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtattcgagtatttatctttcatttaacttttcaaaacttgttggacatcctttttcatttgtcacctgctttttgtagtctgtcttctgtgtttcagtgcatgtttcattaatgattttattttactattttgtggtgtaattactctgtcttttgaacctagacagGCTATTGAAGTTTCTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAATGGAGAGAATGCTATGAAATTAGAAGCAGCTGAAGCTAAGCTGCAGGATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G11950.3 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGACAGGAAGCGGAAGCCCAG GCTATTGAAGTTTCTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAATEST: gi|193419399|gb|FK383119.1|FK383119
genomic: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGACAGGAAGCGGAAGCCCAGgtattcgagt ... acctagacagGCTATTGAAGTTTCTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAAT
EST: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGACAGGAAGCGGAAGCCCAG GCTATTGAAGTTTACTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAA
genomic: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGACAGGAAGCGGAAGCCCAGgtattcgagt ... acctagacagGCTATTGAAGTTT-CTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAA
tgattttattttactattttgtggtgtaattactctgtcttttgaacctagacagGCTATTGAAGTTTCTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAATGGAGAGAATGCTATGAAATTAGAAGCAGCTGAAGCTAAGCTGCAGGATC
ttattttactattttg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattcgagtatttatctttcatttaacttttcaaaacttgttggacatcctttttcatttgtcacctgctttttgtagtctgtcttctgtgtttcagtgcatgtttcattaatgattttattttactattttgtggtgtaattactctgtcttttgaacctagacagGCTATTGAAGTTTCTAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAATGCCACCCAATGGAGAGAATGCTATGAAATTAGAAGCAGCTGAAGCTAAGCTGCAGGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG