Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatccgagatgcctagtttctttttgcatgtcagaatttatatcctcatgctgattctttttttcttttgaacaattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G10770.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192307619|gb|FG999658.1|FG999658
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGT
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGT
EST: gi|9986202|gb|BE660310.1|BE660310
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
EST: gi|7796512|gb|AW781909.1|AW781909
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
EST: gi|192306220|gb|FG995056.1|FG995056
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGT
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGT
EST: gi|15204411|gb|BI427179.1|BI427179
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
EST: gi|9899327|gb|BE608295.1|BE608295
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
EST: gi|19053059|gb|BM731726.1|BM731726
EST:     TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGAT                         ATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
genomic: TTTATCCATTGGATGCAGTTTTTGACAATCTTGATGATGTGCCAGAAGATgtaaatccga ... aattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtcagaatttatatcctcatgctgattctttttttcttttgaacaattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG
                    tgctgat  putative branch site (score: 3)
                         attctttttttctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatccgagatgcctagtttctttttgcatgtcagaatttatatcctcatgctgattctttttttcttttgaacaattgtatagATAAAAGCAAACAAGCGCTATGCCGGTTCATCTAAATGGACAGTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA