1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tcttcaagaattttcttccattttttttgggtgcaagcacgcagtttaaaacctggttcagtggtgtggtatatgatactttggtttttgatccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCGATGAAACATTGGCTGAGGAAGCCACTGAAGTAGTTGGGGCTTGATCTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G00890.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|209702289|gb|BW652369.1|BW652369
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|13790477|gb|BG653068.1|BG653068
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|9564182|gb|BE473691.1|BE473691
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|5677733|gb|AI938872.1|AI938872
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|58023319|gb|CX710060.1|CX710060
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAATGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|120496276|gb|EH224443.1|EH224443
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|193337326|gb|FK303700.1|FK303700
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: GTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAAGTTTAGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTEST: gi|193345613|gb|FK312520.1|FK312520
genomic: GTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAA-GTTT-GATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACT
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTAGGTGCCAAGGTGGAEST: gi|208277415|gb|GE079994.1|GE079994
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTT-GGTGCCAAGGTGGA
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCEST: gi|21256109|gb|BQ452997.1|BQ452997
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTG-AAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|193424829|gb|FK392064.1|FK392064
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: TTAAGATCCTTAAAGTTCTTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|208184280|gb|GD984532.1|GD984532
genomic: TTAAGATCCTTAAAG--C-TCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: TTAAGATCCTTAAAGTTCTTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|31458532|gb|CD400560.1|CD400560
genomic: TTAAGATCCTTAAAG--C-TCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|208292344|gb|GE091534.1|GE091534
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTEST: gi|57575225|gb|CX548200.1|CX548200
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCT
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAATGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|58022410|gb|CX709151.1|CX709151
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|120496269|gb|EH224436.1|EH224436
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|6848435|gb|AW350725.1|AW350725
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|192308959|gb|FK001735.1|FK001735
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|213594668|gb|DB975458.1|DB975458
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|51335530|gb|CO979396.1|CO979396
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|58022183|gb|CX708924.1|CX708924
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|208131349|gb|GD931544.1|GD931544
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTT-AAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCEST: gi|208037583|gb|GD832699.1|GD832699
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
EST: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAG GTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
genomic: AAGTTAAGATCCTTAAAGCTCCAAAGTTTGATCTTGGAAAACTGATGGAGgtatgtcctt ... atccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCC
ttaaaacctggttcagtggtgtggtatatgatactttggtttttgatccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCGATGAAACATTGGCTGAGGAAGCCACTGAAGTAGTTGGGGCTTGATCTG
ttttgat putative branch site (score: 4)
tccttgt CT-rich tract
tatatgata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcttcaagaattttcttccattttttttgggtgcaagcacgcagtttaaaacctggttcagtggtgtggtatatgatactttggtttttgatccttgtagGTTCATGGGGATTACTCTGAAGATGTTGGTGCCAAGGTGGACAGACCTGCCGATGAAACATTGGCTGAGGAAGCCACTGAAGTAGTTGGGGCTTGATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
-cttcaag
- - - - - - ttcttcc
- - - - - - - - - - - - - ttgggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - -caagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctggttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtgtg