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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgatattctaaccttgttccgtaacttttaattcattacttttcagtaacaagagtttatgctgatcctcttaatattgtaaacttccacttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCACTAGAGGCAGCATCATATCTTCCAACTGTAATATATGGTACATATATGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35620.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193412456|gb|FK379479.1|FK379479
EST:     AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG                         TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: gi|193599328|gb|FK549373.1|FK549373
EST:     AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG                         TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: gi|208317901|gb|GE116668.1|GE116668
EST:     ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG                         TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCAATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: gi|208045369|gb|GD841149.1|GD841149
EST:     AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG                         TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: gi|207845233|gb|GD814830.1|GD814830
EST:     ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG                         TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCAATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: ATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
EST: gi|193641383|gb|FK588107.1|FK588107
EST:     AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAG                         TGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA
genomic: AGCAAATTGTACCAGATCAAGAGCTTCCTTTCCTCAAGATAAAAGTGAAGgtttgatatt ... ttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaacaagagtttatgctgatcctcttaatattgtaaacttccacttctgttcagTGGTTGCCATCTATTGCTCTATTGTGTTCTATTGCTACGAGCTTCTGGTCACTAGAGGCAGCATCATATCTTCCAACTGTAATATATGGTACATATATGA
                                      cttccacttctgttc  CT-rich tract
                         ttaatattgtaaactt  TA-rich tract