1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtactgatttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcattgtaatatgtatatgtattatgctcatacatctgatttttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGACTTTTCTGGAACTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G35560.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCCGTTCAG GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTEST: gi|19453140|gb|BM954550.1|BM954550
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCCGTTCAGgtactgattt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGT
EST: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCCGTTCAG GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTEST: gi|6666177|gb|AW277636.1|AW277636
genomic: CCCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCCGTTCAGgtactgattt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCT
EST: CCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCCCGT-CAG GGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGG
genomic: CCATGCAGATGCTACCTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCC-GTTCAGgtactgattt ... tatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGG
cattgtaatatgtatatgtattatgctcatacatctgatttttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGACTTTTCTGGAACTGAG
atctgat putative branch site (score: 4)
tttttcttatgttt CT-rich tract
taatatgtatatgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactgatttttttagtgtaatgagtctaacatttttattcattgtaatatgtatatgtattatgctcatacatctgatttttcttatgtttaagGGTGGTGGTAGATCTTCTGCAAGAGAAACAATTGGAAGGGTTGCTTCTGGTGCTGTTGCTAAGAAAATCCTTAAAGACTTTTCTGGAACTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA