1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgttaaaaatttggttaggaagcttgagatatttgttggaaatcattttcaaaaactcctagctaacatggctccatagttgggcagggtagtgggattttgtggctgtgatgaaaattgttttttgttgttgtcatgaagcggtttgaatgacatgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTATCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G33960.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGEST: gi|208119277|gb|GD916552.1|GD916552
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGEST: gi|192308429|gb|FK000925.1|FK000925
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGG
EST: TAGAAGCTATAAGGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGEST: gi|208168350|gb|GD966870.1|GD966870
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGAEST: gi|208156779|gb|GD957285.1|GD957285
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGA
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGEST: gi|193714928|gb|FK651621.1|FK651621
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGEST: gi|208331778|gb|GE130657.1|GE130657
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGEST: gi|151406062|gb|EV275877.1|EV275877
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
EST: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTG AACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
genomic: TAGAAGCTATAATGTGCCTGATGACATTGACGAGGATGATCTTATGGGTGgtatgttaaa ... ggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGG
gtcatgaagcggtttgaatgacatgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTATCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT
atgtttctttattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgttaaaaatttggttaggaagcttgagatatttgttggaaatcattttcaaaaactcctagctaacatggctccatagttgggcagggtagtgggattttgtggctgtgatgaaaattgttttttgttgttgtcatgaagcggtttgaatgacatgtttctttattttttggttttggtaaaacagAACTTGACGCATTGGAATTAGACATGGGAAATGAGACTGAAGCTGATGGGGTCCCATCCTATCTCCAACCTGATAAAGAACCTGATTTGGATGCAGAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC