Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atagttctcttttataattattatcattattttacactcaattttttataacttttttttggctttggcgtgctactgatagataagaatttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGCATTGTTCATGGAAGGAAAATGGTGCCATATTTAAGTTTTGCAGTTTGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G32390.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207687739|gb|GD668536.1|GD668536
EST:     GAGAAGATTTGTATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGA-TTG-ATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208094526|gb|GD894965.1|GD894965
EST:     AGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: AGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193459071|gb|FK422914.1|FK422914
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|209716004|gb|BW668591.1|BW668591
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193474353|gb|FK442030.1|FK442030
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193461881|gb|FK428550.1|FK428550
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|254328079|gb|GR835044.1|GR835044
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193564775|gb|FK521934.1|FK521934
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGAACAAAAACCAGTAGCAGCT
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTG-AC-AAAACCAGTAGCAGCT
EST: gi|193309716|gb|FK274508.1|FK274508
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACGAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208211312|gb|GE013983.1|GE013983
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208047728|gb|GD843929.1|GD843929
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207777992|gb|GD747939.1|GD747939
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208260487|gb|GE058067.1|GE058067
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208298083|gb|GE093256.1|GE093256
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193616599|gb|FK567797.1|FK567797
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208214230|gb|GE014591.1|GE014591
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|17023753|gb|BM094787.1|BM094787
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAA
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAA
EST: gi|207703952|gb|GD685942.1|GD685942
EST:     GAGAAGATTTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACGAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGA-TTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193313070|gb|FK282399.1|FK282399
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|13481390|gb|BG510733.1|BG510733
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193624061|gb|FK573899.1|FK573899
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGTAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAG
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAG-AGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAG
EST: gi|208243169|gb|GE040277.1|GE040277
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193372239|gb|FK335456.1|FK335456
EST:     GCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207779651|gb|GD752511.1|GD752511
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193338975|gb|FK302698.1|FK302698
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193308047|gb|FK273483.1|FK273483
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193725347|gb|FK657247.1|FK657247
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193426994|gb|FK397497.1|FK397497
EST:     GAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACTAGTAGCAGCTGC
genomic: GAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193435166|gb|FK400282.1|FK400282
EST:     TGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: TGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|17021298|gb|BM092332.1|BM092332
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGA
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGA
EST: gi|193380455|gb|FK346943.1|FK346943
EST:     GGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208228363|gb|GE021109.1|GE021109
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCNGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207731102|gb|GD705567.1|GD705567
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193656812|gb|FK607148.1|FK607148
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193384841|gb|FK353199.1|FK353199
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTCGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193464729|gb|FK432293.1|FK432293
EST:     TTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGCTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: TTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|209699469|gb|BW667655.1|BW667655
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207685680|gb|GD669614.1|GD669614
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208226341|gb|GE021440.1|GE021440
EST:     GAGAAGA-TGANATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208299311|gb|GE098782.1|GE098782
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193371857|gb|FK336026.1|FK336026
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|214007412|gb|DB986264.1|DB986264
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208182592|gb|GD980815.1|GD980815
EST:     GAGAAGATTTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGA-TTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|151407179|gb|EV276994.1|EV276994
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193614299|gb|FK561837.1|FK561837
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193304706|gb|FK272191.1|FK272191
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193331395|gb|FK293303.1|FK293303
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208114715|gb|GD911262.1|GD911262
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193335238|gb|FK297978.1|FK297978
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGACAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTG
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAG-CAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTG
EST: gi|193665028|gb|FK611702.1|FK611702
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193375740|gb|FK340495.1|FK340495
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193376306|gb|FK339619.1|FK339619
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208312175|gb|GE109915.1|GE109915
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193638119|gb|FK586613.1|FK586613
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGACG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193339158|gb|FK304435.1|FK304435
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193363176|gb|FK326182.1|FK326182
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|22932945|gb|BU550084.1|BU550084
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193644185|gb|FK590308.1|FK590308
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|15202915|gb|BI425683.1|BI425683
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208311815|gb|GE109037.1|GE109037
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193439542|gb|FK406795.1|FK406795
EST:     CCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: CCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207746409|gb|GD720165.1|GD720165
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193492215|gb|FK455255.1|FK455255
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193428099|gb|FK398801.1|FK398801
EST:     GAGAAGATTTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGA-TTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|9258350|gb|BE346497.1|BE346497
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|8401534|gb|BE057098.1|BE057098
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208038981|gb|GD832823.1|GD832823
EST:     GAGAAGATTTGTATTATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGA-TTG-A-TATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207795679|gb|GD766900.1|GD766900
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193711320|gb|FK643901.1|FK643901
EST:     ATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: ATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193676962|gb|FK619176.1|FK619176
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208057594|gb|GD851703.1|GD851703
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGACG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|6848840|gb|AW351130.1|AW351130
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208124475|gb|GD925069.1|GD925069
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTG
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTG
EST: gi|208305914|gb|GE109593.1|GE109593
EST:     GAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|207700619|gb|GD683726.1|GD683726
EST:     GAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|193454006|gb|FK419593.1|FK419593
EST:     GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|20814272|gb|BQ298750.1|BQ298750
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC
EST: gi|208332763|gb|GE129084.1|GE129084
EST:     GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATG                         GAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCNGTAGCAGCTGC
genomic: GTGGCCATGGCAAGAGAAGATTGATATGGAGCAGAGTTCAAGCAAAGATGgtaagtacat ... ttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttataacttttttttggctttggcgtgctactgatagataagaatttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGCATTGTTCATGGAAGGAAAATGGTGCCATATTTAAGTTTTGCAGTTTGTT
                            tactgat  putative branch site (score: 2)
                                 atagataagaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atagttctcttttataattattatcattattttacactcaattttttataacttttttttggctttggcgtgctactgatagataagaatttcaatgcagGAGCTATGTGAGGTTGATGTTGTTCTTGTTGACAAAACCAGTAGCAGCTGCATTGTTCATGGAAGGAAAATGGTGCCATATTTAAGTTTTGCAGTTTGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - cactcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gataagaa