1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cagtagagtgaagaatgttccttttgattaacatctgtgagttttaatttggtgatcatactatatttgaccgatattccctgcaaatatgaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACGCGTGATCGCGCTGCAAAAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G30030.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACEST: gi|19346892|gb|BM891780.1|BM891780
genomic: CAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
EST: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACEST: gi|151407586|gb|EV277401.1|EV277401
genomic: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
EST: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACEST: gi|58019731|gb|CX706473.1|CX706473
genomic: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
EST: CCCCCACCCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAG ATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
genomic: CCCCCAACCAAGGAAATGGATGCTAAACGACGGGATGATGAAGCAAGGAGgtatcttttc ... gaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTAC
aatttggtgatcatactatatttgaccgatattccctgcaaatatgaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACGCGTGATCGCGCTGCAAAAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAG
atcatactatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cagtagagtgaagaatgttccttttgattaacatctgtgagttttaatttggtgatcatactatatttgaccgatattccctgcaaatatgaatggtcagATCAAGAGCTGCTGGCAAAGCTCACGTTGATGGTGCAAAGAAGCATCGTACGCGTGATCGCGCTGCAAAAGCTGCTCCTGCTCCTGAAGGCAATGCTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - -ccttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - atctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttggtg