1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttctcctcagttctcagttgcttacttctacatcactgtttgttatgacagcttctgatgatttttgactaacatttacaatgaactacaatgccctcagGTTAATATGGTTGATTGGCTGAAGACAATGGTTGGAAACAGGCGATCAGAAGAAGTGGTGGACCCAAACATTGAGGTGAAGCCATCTACCAGAGTTTTGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G28490.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgacagcttctgatgatttttgactaacatttacaatgaactacaatgccctcagGTTAATATGGTTGATTGGCTGAAGACAATGGTTGGAAACAGGCGATCAGAAGAAGTGGTGGACCCAAACATTGAGGTGAAGCCATCTACCAGAGTTTTGA
gactaac putative branch site (score: 1)
tgccctc putative PPT
atgattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctcctcagttctcagttgcttacttctacatcactgtttgttatgacagcttctgatgatttttgactaacatttacaatgaactacaatgccctcagGTTAATATGGTTGATTGGCTGAAGACAATGGTTGGAAACAGGCGATCAGAAGAAGTGGTGGACCCAAACATTGAGGTGAAGCCATCTACCAGAGTTTTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
-tctcctc
- - - - - - - cagttgc
- - - - - - - - - - - - cttctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgaac