Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatcttataatatatctgttcatgttagctactagcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTTTCAACTGTACCGCTAAGGGATGAGTTCCTTGAAAATGCTAGGCTATTTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G16090.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G16090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G151549_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatc-ttataatatatctgttcatgttagctactagcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTTTCAACTGTACCGCTAAGGGATGAGTTCCTTGAAAATGCTAGGCTATTTA
                                  ||  || ||     || |     || |   |  | ||  || | ||||        ||   |  |  ||  ||| |  | | |||      || ||  |||  |||  || |         |||| ||||| |||||||| ||||| || ||  |  |||||||  | || |||   | ||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||| ||||
----------------------------------tgccatgacaaccatgatcctaacaatcagcaataataattgtgatatgat-----ataaaacttgttaatgta-catcatcatg------ttgta--atgtctacttttct---------agGTTATACTGAATGATCCATTCCTGGGAAAGCGCATTGAAGAGGGAAATTTTGTCAGTGTTCCTTTGAGAGATGAGTTCCTTGAAAATGCTAGGCTTTTTA

upper sequence: GLYMA10G16090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G57290.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtaagcttgctttaatatatgtcaactataggagtgatattacttttgtggtttatccagttctcctttatcttataatatatctgttcatgttagctactagcgta-gccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTTTCAACTGTACCGCTAAGGGATGAGTTCCTTGAAAATGCTAGGCTATTTA
                                                                           |||   |||      | | || || |   ||  |  | | | || |   |  ||| |   || ||  |||   |  ||| |||||||  | |||||||| |||||||| ||  ||||||| ||  | ||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||  | |||||  
--------------------------------------------------------------------------gtaactcatccacatgtat-agatatttttgtttgtgcagaactgtgcaatcaatact---ctgacattttaacatgatgtagGTCATTGTGAATGATCCATTCCTTGGCAAGCGAGTTGAGGATGGAAACTTTTCAACTGTACCACTGAGAGATGAATTTCTTGAAAATGCCCGCCTATTCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209703908|gb|BW661598.1|BW661598
EST:     AAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: AAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|192314055|gb|FK008795.1|FK008795
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|19053227|gb|BM731894.1|BM731894
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|58015713|gb|CX702455.1|CX702455
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|207800716|gb|GD774629.1|GD774629
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|13789066|gb|BG651657.1|BG651657
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGAT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGAT
EST: gi|209697045|gb|BW667035.1|BW667035
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|193392690|gb|FK359185.1|FK359185
EST:     AACTAATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: AACT-ATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|6481581|gb|AW200852.1|AW200852
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTCT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|10254604|gb|BE822370.1|BE822370
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|8283830|gb|BE021389.1|BE021389
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|7692748|gb|AW760848.1|AW760848
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|58015407|gb|CX702149.1|CX702149
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|21479769|gb|BQ576452.1|BQ576452
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|8402657|gb|BE058291.1|BE058291
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|16105694|gb|BI893434.1|BI893434
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|7692974|gb|AW761073.1|AW761073
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTT
EST: gi|10709957|gb|BF009681.1|BF009681
EST:     TTAACTATGACTNTGATGGGGCACAAAAGATGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
EST: gi|21888755|gb|BQ741968.1|BQ741968
EST:     TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAA                         GTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT
genomic: TTAACTATGACTTTGATGGGGCACAAAAGAAGATGAGGGAATGTGAAGAAgtaagcttgc ... aaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcgtagccccgtaatgggttgtttatattatgcttaccctttttaaaaatgcagGTCATACTTAATGATCCCTTCCTTGGTAAAAGAGTTGAAGAAAGCAACTTTTCAACTGTACCGCTAAGGGATGAGTTCCTTGAAAATGCTAGGCTATTTA
                               tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                     cccttttta  CT-rich tract
                      tttatattatgctta  TA-rich tract