Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tacttatactgtccaaactatccaaggcttgtgcttgtagcatactgatgatggatactatgagtttatatgttttgtgatgtaaagttcttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCCCTTGACCAACACTGCTGTTGGTGCTGAAGTGACCCATAGATTCTCAACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G37570.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208054958|gb|GD851085.1|GD851085
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAG
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAG
EST: gi|208078144|gb|GD877440.1|GD877440
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207836953|gb|GD807100.1|GD807100
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192300130|gb|FG992238.1|FG992238
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|298169104|gb|HO020464.1|HO020464
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193511830|gb|FK469967.1|FK469967
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208103138|gb|GD901016.1|GD901016
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|151411944|gb|EV281755.1|EV281755
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|19053874|gb|BM732541.1|BM732541
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|42723151|gb|CK769050.1|CK769050
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207809570|gb|GD782288.1|GD782288
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATAATTACCATGTAGTTAAC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATA-TTACCATGTAGTTAAC
EST: gi|193400057|gb|FK367460.1|FK367460
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         A
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcag-
EST: gi|193400057|gb|FK367460.1|FK367460
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         A
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcag-
EST: gi|208322172|gb|GE122157.1|GE122157
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|14259248|gb|BG882156.1|BG882156
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|9899135|gb|BE608162.1|BE608162
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193644266|gb|FK590347.1|FK590347
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATG
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATG
EST: gi|192299447|gb|FG990785.1|FG990785
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192325787|gb|FK018009.1|FK018009
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTT-GAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACC
EST: gi|208245019|gb|GE042098.1|GE042098
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGGTTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|5605752|gb|AI899816.1|AI899816
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACANAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207683587|gb|GD664554.1|GD664554
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTT
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTT
EST: gi|208089588|gb|GD889061.1|GD889061
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|17964279|gb|BM271017.1|BM271017
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|21600833|gb|BQ611164.1|BQ611164
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193520430|gb|FK475495.1|FK475495
EST:     ATGCTGGACTGTAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGT
genomic: ATGCTGGACTG-AGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGT
EST: gi|208281853|gb|GE080679.1|GE080679
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAAC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAA-TGCTGCATATTACCATGTAGTTAAC
EST: gi|193350530|gb|FK317506.1|FK317506
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGT
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGT
EST: gi|207706519|gb|GD688019.1|GD688019
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|31305439|gb|CD390642.1|CD390642
EST:     TCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATGGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: TCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|14990209|gb|BI315882.1|BI315882
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|6502260|gb|AW203633.1|AW203633
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|105632874|gb|DW246562.1|DW246562
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193555064|gb|FK515061.1|FK515061
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|6726064|gb|AW310463.1|AW310463
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193580328|gb|FK537774.1|FK537774
EST:     TGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: TGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|22522251|gb|BU081062.1|BU081062
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208130636|gb|GD929767.1|GD929767
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAAC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAAC
EST: gi|10847550|gb|BF070219.1|BF070219
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAAGTGATGCTTTGAATGCTGCATAT
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATAT
EST: gi|31561494|gb|CD487332.1|CD487332
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|6455596|gb|AW186279.1|AW186279
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTNGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAAACC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAA-CC
EST: gi|21255689|gb|BQ452577.1|BQ452577
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207848714|gb|GD820215.1|GD820215
EST:     ATGCTGGACTGAGCTTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: ATGCTGGACTGAGC-TTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|254347346|gb|GR853595.1|GR853595
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193400504|gb|FK369657.1|FK369657
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGT
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGT
EST: gi|192300131|gb|FG992239.1|FG992239
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|26045822|gb|CA783291.1|CA783291
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|37997016|gb|CF808605.1|CF808605
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|14990078|gb|BI315751.1|BI315751
EST:     CTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: CTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208306670|gb|GE110041.1|GE110041
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTG
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTG
EST: gi|193704275|gb|FK644753.1|FK644753
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|151404231|gb|EV274041.1|EV274041
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|193717801|gb|FK651225.1|FK651225
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|208112447|gb|GD908392.1|GD908392
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|207698930|gb|GD680763.1|GD680763
EST:     CTTCACTAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: CTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|38192679|gb|CF921885.1|CF921885
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCC
EST: gi|192329007|gb|FK019706.1|FK019706
EST:     AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCT                         GAATGACAAAGGTGATGCTTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACC
genomic: AATGCTGGACTGAGCTTCACCAAAGATGACTTGATTGCCTCATTGACTCTgtgagtaact ... ttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTT-GAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatgatggatactatgagtttatatgttttgtgatgtaaagttcttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCCCTTGACCAACACTGCTGTTGGTGCTGAAGTGACCCATAGATTCTCAACT
 tactgat  putative branch site (score: 2)
                                          ttcttttgt  putative PPT
                 agtttatatgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tacttatactgtccaaactatccaaggcttgtgcttgtagcatactgatgatggatactatgagtttatatgttttgtgatgtaaagttcttttgtgcagGAATGACAAAGGTGATGCTTTGAATGCTGCATATTACCATGTAGTTAACCCCTTGACCAACACTGCTGTTGGTGCTGAAGTGACCCATAGATTCTCAACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - ccaaact
- - - - - - - - - - - - - -cttgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgta