1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaggttatggtggaaacttccattttattatcttttcagattgtgtctttgtcaaacctactctactcaacacgtgtactttcttaattgcatgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGAGGAGCAAGCTGATTTGCAGCAAGCTCTTGAGCTGCAAAGTAGGAGGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G35980.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTG GTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGEST: gi|7693469|gb|AW761561.1|AW761561
genomic: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTGgtaggttatg ... atgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
EST: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTG GTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGEST: gi|13788001|gb|BG650593.1|BG650593
genomic: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTGgtaggttatg ... atgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
EST: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTG GTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGEST: gi|13787910|gb|BG650502.1|BG650502
genomic: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTGgtaggttatg ... atgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
EST: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTG GTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGEST: gi|17152898|gb|BM142831.1|BM142831
genomic: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTGgtaggttatg ... atgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
EST: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTG GTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGEST: gi|308098408|gb|HO760149.1|HO760149
genomic: TGGTACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTGgtaggttatg ... atgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
EST: ACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTG GTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
genomic: ACTCCTACTGGATTGGATGCTAGAGACCAATTTGATCTTCAACTTGgtaggttatg ... atgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGG
ctttgtcaaacctactctactcaacacgtgtactttcttaattgcatgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGAGGAGCAAGCTGATTTGCAGCAAGCTCTTGAGCTGCAAAGTAGGAGGCT
tcttaat putative branch site (score: 3)
tgctttt putative PPT
tttcttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggttatggtggaaacttccattttattatcttttcagattgtgtctttgtcaaacctactctactcaacacgtgtactttcttaattgcatgcttttagGTGGCAGAATGCTCTACAATACTCAAGACATGCTGTGGAGGAGGAAGCTGGAGGAGCAAGCTGATTTGCAGCAAGCTCTTGAGCTGCAAAGTAGGAGGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG