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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattcagatgttccattatctattttgattgtggtaggcattttcatttctgatgaaggttgaaatgaaagatgtttgtgtgtcatgtgacactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGTGCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G34760.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G34760.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g06560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaattcagatgttccattatctattttgattgtggtaggcattttcatttctgatgaaggttgaaatgaaagatgtttgtgtgtcatgtgacactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGTGCTTTCT----TGCCTATTGT---GAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
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-------atggctgcagtttgttgtccctgactccttgtatatgtttatcgaaggtattgtctt---ctagatctggttttgagcttgattgtgctagc-tcttgtgtcagGCTGGTGATTCCACTGCCGAGGAGCTTGCCACTGCCACCCAGGTCCAGGGTGATTAATTACATGCCTATTGCTCGCGGTGAGAAGCGCTCGGTTGAGGCT-------

upper sequence: GLYMA09G34760.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT5G23900.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtaattcagatgttccattatctattttgattgtggtaggcattttcatttctgatgaaggttgaaatgaaagatgtttgtgtgtcatgtgacactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGTGCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
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-------gtatcaatcatttgagatcttagttagagtag-----tatatttgagacaccctcttgattcttgagttcttgt-tataacaattttgtatcttttgttttcagGCTGGTGATTCTACTCCAGAGGAGCTTGCCAATGCTACTCAAGTTCAAGGTGATTACATGCCAATTGCCAGTGTCAAGGCAGCTATGGAGCTAGTTAAGC

upper sequence: GLYMA09G34760.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv14s0006g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaattc--agatgttccattatctattttgattgtggtaggcattttcatttctgatgaaggttgaaatgaaagatgtttgtgtgtcatgtgacactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGTGCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
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gtaagtctaagttgaataattttaaattgtaattttaacaactactttcttgtt-----acactttccatgct---tattttaaaacctctgtataaattttcaatgttacagGCTGGCGATTCTAGTGTGGAGGAGCTTGCAACTGCAACACAGGTTCAAGGTCTTTACATGCCTATTGTCAGGGAGAAGCCAACTGTGGAGCTTGTGAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9898707|gb|BE607675.1|BE607675
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209706116|gb|BW680860.1|BW680860
EST:     ATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGG
genomic: ATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACAC-AAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGG
EST: gi|14991504|gb|BI317177.1|BI317177
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|151411721|gb|EV281532.1|EV281532
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAGG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|10236023|gb|BE804971.1|BE804971
EST:     CATACATGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGATGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGTGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209719729|gb|BW669236.1|BW669236
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|151412589|gb|EV282401.1|EV282401
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|192296167|gb|FG989752.1|FG989752
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|151412501|gb|EV282313.1|EV282313
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|7232690|gb|AW568044.1|AW568044
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|207762641|gb|GD733446.1|GD733446
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|208031637|gb|GD829409.1|GD829409
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGC
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGC
EST: gi|13787384|gb|BG649976.1|BG649976
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|207740330|gb|GD714268.1|GD714268
EST:     ACAAGGCCAAATTGGTTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: ACAAGGCCAAATTGG-TTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|7588772|gb|AW704560.1|AW704560
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAATGTTAAA                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|21677416|gb|BQ629767.1|BQ629767
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|298168634|gb|HO009564.1|HO009564
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTC
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTC
EST: gi|5058358|gb|AI736834.1|AI736834
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACCAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|6724510|gb|AW308909.1|AW308909
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCCAGG-
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCC-AGGG
EST: gi|31470243|gb|CD412211.1|CD412211
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|58014722|gb|CX701464.1|CX701464
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|151408035|gb|EV277850.1|EV277850
EST:     GTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: GTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|151412263|gb|EV282075.1|EV282075
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209714113|gb|BW679440.1|BW679440
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|12773593|gb|BG238520.1|BG238520
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|13311622|gb|BG405273.1|BG405273
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|58022980|gb|CX709721.1|CX709721
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|31307515|gb|CD392718.1|CD392718
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209707172|gb|BW656790.1|BW656790
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCAAGGAGCT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCT
EST: gi|26049048|gb|CA785501.1|CA785501
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|58014623|gb|CX701365.1|CX701365
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|18730580|gb|BM525958.1|BM525958
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|4396384|gb|AI495381.1|AI495381
EST:     CATACAAGGCCAAATTTGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGT
EST: gi|9898907|gb|BE607875.1|BE607875
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|10232707|gb|BE801595.1|BE801595
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|192304778|gb|FG998794.1|FG998794
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|192310330|gb|FK002210.1|FK002210
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209716857|gb|BW679609.1|BW679609
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|6727284|gb|AW311638.1|AW311638
EST:     GGCACGCAAGGTTAAG                         GCTGGTGATACTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: GGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209714112|gb|BW679439.1|BW679439
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|31457787|gb|CD399815.1|CD399815
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|9564279|gb|BE473788.1|BE473788
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
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EST: gi|20814094|gb|BQ298572.1|BQ298572
EST:     GCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
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EST: gi|207784931|gb|GD758570.1|GD758570
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTA
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTA
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EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
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EST: gi|17021889|gb|BM092923.1|BM092923
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
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EST: gi|10842871|gb|BF066228.1|BF066228
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCANATGCAACACAAGTCCAGGGT
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EST: gi|151393189|gb|EV263064.1|EV263064
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|193700588|gb|FK635091.1|FK635091
EST:     ACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAAATGCAACACAAGTCCAGGG
genomic: ACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGC-AAATGCAACACAAGTCCAGGG
EST: gi|12688109|gb|BG154445.1|BG154445
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|9203646|gb|BE329870.1|BE329870
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAANGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|22931795|gb|BU548934.1|BU548934
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|9899177|gb|BE608204.1|BE608204
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|18718018|gb|BM523019.1|BM523019
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCTGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|192324141|gb|FK017872.1|FK017872
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209719730|gb|BW669237.1|BW669237
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|209706115|gb|BW680859.1|BW680859
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|192301798|gb|FG994450.1|FG994450
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|5760898|gb|AI966261.1|AI966261
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genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|21994666|gb|BQ786194.1|BQ786194
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
EST: gi|192304777|gb|FG998793.1|FG998793
EST:     CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGAT-CTACTCCCGAGGAGCTT
genomic: CATACAAGGCCAAATTGGTTGTGTTCCCAAGACGGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTT
EST: gi|209707173|gb|BW656791.1|BW656791
EST:     GGGCACACAAGGTTAAG                         GCTGGTGATTCTACTCCCAAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT
genomic: GGGCACACAAGGTTAAGgtaattcaga ... tttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaggttgaaatgaaagatgtttgtgtgtcatgtgacactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGTGCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG
                                         ttgtttt  CT-rich tract
                                         ttgttttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattcagatgttccattatctattttgattgtggtaggcattttcatttctgatgaaggttgaaatgaaagatgtttgtgtgtcatgtgacactgttgttttattgtagGCTGGTGATTCTACTCCCGAGGAGCTTGCAAATGCAACACAAGTCCAGGGTGCTTTCTTGCCTATTGTGAGGGAGAAGCCAACTGTTGAACTTGTAAAGG

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC