Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcgaaaactaagtctccaactgtcctgacgagtgttgtctgacttgatctctattactttcatggttcaagtcttgatattctggtatttgtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGGGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47790.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G47790.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT5G13420.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
-----tcgaaaactaagtctccaactgtcctgacgagtgttgtctgacttgatctctattactttcatggttcaagtcttgatattctggtatttgtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGGGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTTG
     |  ||| || |  ||  |   || |  | | |||||    |  |  |    | |||| ||           |  | ||||  |    | ||| |   ||||| ||||||||  | || ||||||||||| || || ||||| || |||||||| || ||||| |||||  |  |||||||||| |||||||| |||||||
ggcgttttaaacctgaaactagattagttc--aagggtgttccaaggatgcactgatgttaccttttctaaatcgtttctcatatgttctgttctgttt---cagCTTATATTCTCAATCGCCAGATATGAAGCAGTGATCGATGCATATTTGGATGGCCTCGAGGCGTCTGGACTTGATGACCTCTCAAGAGTTACCAGTGTTG

upper sequence: GLYMA08G47790.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0150g00190.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
tcgaaaactaagtctccaactgtcctgacg--agtgttgtctgacttg-atctctattactttcatggt-----tcaagtcttgatattctggtatttgtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGGGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTTG
        |    ||||||     ||   |  ||| | |||     ||    ||| ||  | | ||  |     || |  | | || ||||| |||   | ||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||
-------tttttcctccaatctcacttgtggtagtatagtccttggtgtgcttctgtttttcttataatagcattctaaccatcattttctgttatggatgtgc-cagCTTATATTCTCTCTCCCGAGATATGAAGCTGTCATTGATGCTTACTTAGATGGGCTTGAGGCTTCTGGGCTAAGTGACCTCTCCAGGGTTACAAGTGTTG

upper sequence: GLYMA08G47790.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ38347 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 3
tcgaaaactaagtctccaactgtcctgacgagtgttgtctgacttgatctctattactttcatggttcaagtcttgatattctggtatttgtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGGGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTTG---
                             |   | |   | | |   |   || |  |||     |||      |  | ||||  | ||||  |  |||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| || || ||   | |   |   || |||||  | ||  | ||||| |   
-----------------------------gtaagcttcttaattctctacttaattttttttaatttc---ctcttcttttcttttttttgcgta-acagCTTATATTCTCACTCCCAAGATATGAAGCTGTAATCGATGCATATCTCGATGGACTCGAAGC---TAGAGAAGGAGATCTCTCGGGCGTCTCGAGTGTGGCTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18692732|gb|BM521580.1|BM521580
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|10233938|gb|BE802826.1|BE802826
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAC-TGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|254326716|gb|GR832868.1|GR832868
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGGA
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGG-A
EST: gi|254322565|gb|GR837979.1|GR837979
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|192327587|gb|FK020634.1|FK020634
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|8283342|gb|BE020903.1|BE020903
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTGATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGGTATTCTCTCTTGCGAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTG
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTG
EST: gi|14259727|gb|BG882635.1|BG882635
EST:     CTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: CTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|5058472|gb|AI736883.1|AI736883
EST:     GTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: GTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|9439855|gb|BE440368.1|BE440368
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|10846217|gb|BF071272.1|BF071272
EST:     ATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: ATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|57575533|gb|CX548508.1|CX548508
EST:     GCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTC-TGCAAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGA
genomic: GCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGC-AAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGA
EST: gi|4304431|gb|AI443618.1|AI443618
EST:     TGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|19271012|gb|BM887268.1|BM887268
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|298189327|gb|HO037730.1|HO037730
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGTAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|16346820|gb|BI972415.1|BI972415
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|298172428|gb|HO019468.1|HO019468
EST:     GCCTTCAATTAGGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGTAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: GCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|17022331|gb|BM093365.1|BM093365
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATAT
EST: gi|17963707|gb|BM270453.1|BM270453
EST:     ATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: ATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|10236155|gb|BE805043.1|BE805043
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
EST: gi|192312884|gb|FK004040.1|FK004040
EST:     TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACG                         CTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT
genomic: TGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACGgtaagtttgt ... gtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatctctattactttcatggttcaagtcttgatattctggtatttgtatgcacagCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATAGATGCTTACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGGGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTTG
                          tcttgat  putative branch site (score: 4)
      tattacttt  TA-rich tract