1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaattgtcttagaagttatgcatgagtcagtcttgtaagagttttgatgacttttctttcatattgatgaatgtaacatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGACTGTGTCCGGATGTTGCTTGCTTGGGGAGCAGATAGACTTCAATTAGAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G47310.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|14258973|gb|BG881881.1|BG881881
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGEST: gi|208339962|gb|GE134026.1|GE134026
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATG
EST: CTGGTGGATTATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGEST: gi|18729987|gb|BM525615.1|BM525615
genomic: CTGGTGGA-TATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGG
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|13562544|gb|BG550764.1|BG550764
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|5057950|gb|AI736426.1|AI736426
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|5607045|gb|AI901143.1|AI901143
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|151399451|gb|EV269322.1|EV269322
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|7691680|gb|AW759803.1|AW759803
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTATGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGAEST: gi|209720551|gb|BW654430.1|BW654430
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
EST: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGG TTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
genomic: GCCCTTCTAGACAATGGTGCTCTTGTTTGTGCTTCAACTGGTGGATATGGgtaattgtct ... acatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGA
tcttgtaagagttttgatgacttttctttcatattgatgaatgtaacatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGACTGTGTCCGGATGTTGCTTGCTTGGGGAGCAGATAGACTTCAATTAGAT
atgtaac putative branch site (score: 3)
ttttctttcatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaattgtcttagaagttatgcatgagtcagtcttgtaagagttttgatgacttttctttcatattgatgaatgtaacatttgcagTTACCCTGGAAGCACGCCACTTCATATGGCTGCCCGTGGTGGTTCTTTGGACTGTGTCCGGATGTTGCTTGCTTGGGGAGCAGATAGACTTCAATTAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT