1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...attgtttcttgaattttttttttttgtaattcatatttcatctattcttgtttttttatcaattgtgacattttttttctgtctgatttttattcactagGTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCCTGTGCCTGCGCACCATGGAAATGGGCAGTGAACTATCCAAAACA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G43220.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAEST: gi|22524872|gb|BU083683.1|BU083683
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EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCEST: gi|22524880|gb|BU083691.1|BU083691
genomic: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAGgtatttcttc ... tattcactagGTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCC
EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCEST: gi|6134009|gb|AW132459.1|AW132459
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EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCEST: gi|6134031|gb|AW132481.1|AW132481
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EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCEST: gi|15338043|gb|BI498699.1|BI498699
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EST: TTGAGTACTTAACGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAA GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTTCTTTCA-CAGAGATAATTEST: gi|22524871|gb|BU083682.1|BU083682
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EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCEST: gi|192300944|gb|FG993004.1|FG993004
genomic: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAGgtatttcttc ... tattcactagGTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCC
EST: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAG GTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCC
genomic: TTGAGTACTTGAGGCTTACCAGTCTTGGTGTAATTGGTGCATTGGTGAAGgtatttcttc ... tattcactagGTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCC
tcttgtttttttatcaattgtgacattttttttctgtctgatttttattcactagGTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCCTGTGCCTGCGCACCATGGAAATGGGCAGTGAACTATCCAAAACA
gtctgat putative branch site (score: 4)
ttttttttctgtctga CT-rich tract
tttttttatcaattgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgtttcttgaattttttttttttgtaattcatatttcatctattcttgtttttttatcaattgtgacattttttttctgtctgatttttattcactagGTTGATGATACAGAAGTTATAAGTTTCCTTCTTTCAACAGAGATAATTCCCCTGTGCCTGCGCACCATGGAAATGGGCAGTGAACTATCCAAAACA
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