1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gagttaactatggactgaataatttcacacataatttaaactctataaatcattgatggattccaatatatgtggagtaataattgccattttaccacagGAAACTGCATTTAGCAGGAAAAGAAGCTTCCGCAACAAGCTCAAGAAGAGGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G40250.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
taaatcattgatggattccaatatatgtggagtaataattgccattttaccacagGAAACTGCATTTAGCAGGAAAAGAAGCTTCCGCAACAAGCTCAAGAAGAGGG
cattgat putative branch site (score: 4)
ccatttt putative PPT
agtaataatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagttaactatggactgaataatttcacacataatttaaactctataaatcattgatggattccaatatatgtggagtaataattgccattttaccacagGAAACTGCATTTAGCAGGAAAAGAAGCTTCCGCAACAAGCTCAAGAAGAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - gactgaa
- - - - - - - - - - - - -cacacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtggag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attgcca