1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagtgcgatctcaacttgtttcagtttctggagttaaaaattttcttaaatactgtgaaaatgttatcttaattcttcataaaacattttactcttattttcataaacgagaaggtaattactgatcttaagttgcttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACCAAGCTGGCCCTAATGGCAATGTTCAATCAGAGCTACTCTTCCGAAAGGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G27560.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAA ATGATACTGCAATGCTATGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTANACCEST: gi|254325278|gb|GR838159.1|GR838159
genomic: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAAgtaagtgcga ... cttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACC
EST: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAA ATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACCEST: gi|9566077|gb|BE475515.1|BE475515
genomic: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAAgtaagtgcga ... cttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACC
EST: TCAACTGTTCACTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAA ATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTGTCTAAACCEST: gi|22930803|gb|BU547950.1|BU547950
genomic: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAAgtaagtgcga ... cttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACC
EST: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTNNNTATGGTTCAATAA ATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACC
genomic: TCAACTGTTCAGTTTCAACTACAAGTCATTGACTCCTTATGGTTCAATAAgtaagtgcga ... cttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACC
actcttattttcataaacgagaaggtaattactgatcttaagttgcttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACCAAGCTGGCCCTAATGGCAATGTTCAATCAGAGCTACTCTTCCGAAAGGA
tactgat putative branch site (score: 2)
ttgctttt putative PPT
tattttcataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtgcgatctcaacttgtttcagtttctggagttaaaaattttcttaaatactgtgaaaatgttatcttaattcttcataaaacattttactcttattttcataaacgagaaggtaattactgatcttaagttgcttttaacagATGATACTGCAATGCTGTGGGGAGTTAAGTTCTATAATGATTTTCTAAACCAAGCTGGCCCTAATGGCAATGTTCAATCAGAGCTACTCTTCCGAAAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT