Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttacttccctgccatacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G23750.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g51630.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
----------gtatgtttacttccctgccatactt--atttaattatgattataggtttttat--aactgctaatgagacttctg---cttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
          | ||  |       |||  ||| ||  |     | |||| || || |  ||||  | || || |  ||| |  ||   ||| |||||||| ||||||||| | ||||||||  | ||| | || |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |   |||| ||  |||||    |||| |||
attttaatttgaattgtctagggtctgaaatagttcaagcccctaatgactagagttgattattgatcttcttactagattagtgattcttatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTCAACAAGCAAAGAATCCCTCTTACAAACAACAAAGTCATCGAG

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
-----------gtatgttta---cttccctgcca--tacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgtt---ttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
           ||   ||||   |||    ||    ||  || ||  ||||  |||  | | |   |  |||  ||| |     || || | ||    | || |||||||| || |||||||| || ||| | || |||||||| || || |||||||| ||||||||||||| | ||||     |||||    ||||||||
gggttctcatagtgactttatagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctg--aatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-------------------gtatgtttact--tccctgccatacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
                   ||   |  | |  | ||||| ||  |   ||  | |   | ||  | || |        || | |     |   | |||||| || ||||||||  | |||||||| || ||  | || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||   ||||  |  |||||    |||| |||
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgc-atcttagcttggtgac--tcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgttt-agGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G178807_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 4
----------------gtatgtttacttccctgccata---cttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
                 | || | | || |   ||| |      | ||  |||| ||||| | | |  | ||     ||         | | | |  |  |||||||| || || |||||||| || ||| | || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | | || |   |||||    |||| |||
gcaccaaatccctgagttctgataattttcaaaccagaaattccacttgtttatcattat-gatgtccagaagcatgaacatctacctttcatct-ctccagATACCCGAACCTGAAGAGTGTTAGGGAATTGATCTACAAAAGAGGTTATGGGAAGCTGAACAAGCAGAGGATTCCGCTTAGCAACAACAATGTCATCGAG

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--gtatgtttacttccctgccatactta---tttaattatgattataggtttttata------actgctaatgagacttctgcttt---tgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
     | | |   ||  ||   | ||||   |   || |  | | ||   || ||||      | |  |||||  | || |  ||    | |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||| |||||  | || |||||||||||  | || 
gtaagtatctcactctttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttgtaatgt-atttatatttcaaatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-----------gtatgtttacttccctgccatacttatttaa--ttatgattataggtttttataactgctaatgagacttc--tgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
                |||  ||  ||   |  | |||  ||  || |||   |  || ||  | | | ||||||    |    |||   | |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||  | || |||||||||||  | || 
gtaagtatcttactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagttctgaacttgtgtattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAACTGATTTACAAGAGGGGCTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
--------------gtatgtttacttccctgccatact-tatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttc--tgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
               | | ||   || | |   || || ||   | || |||   |   | ||  | | | ||||||    |    |||   | |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||  | || |||||||||||  | || 
gggtaagtatcttactcttttgtttttcttaagatcctataaaaagttctgaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAACTGATTTACAAGAGGGGCTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0052g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtatgtttacttccctgccatacttatttaatt--atgattataggtttttat---aactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
|||||| | ||  | |||||   | ||    ||    ||| |||  |    ||   | ||| || | | |         |||||| || || || ||| | |||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| 
gtatgtgttctgac-tgccaacttcataaccttcagggatcatatctccacatgcaatctgttattcatatactgaagattgtttcagGTATCCCAATTTAAAGAGTGTCAGGGAACTGATTTACAAGAGGGGTTATGGAAAACTTAACAAGCAGAGAACTGCTCTGACTGATAACTCAATCATTGAA

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----gtatgtttacttccctgccatactta---tttaattatgattataggtttttata------actgctaatgagacttc--tgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
    ||||  | ||     ||   | ||||   |   || |  | | ||   || ||||      | | ||||||    |    |||   | |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||  ||||| | ||||||| ||| |||||  | || |||||||||||  | || 
gtaagtat-ctcacccttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGTGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACAGAAAGTTGAACAAGCTGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----gtatgtttacttccctgccatactta---tttaattatgattataggtttttata------actgctaatgagacttc--tgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
    ||||  | |||    ||   | ||||   |   || |  | | ||   || ||||      | | ||||||    |    |||   | |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||  | || |||||||||||  | || 
gtaagtat-ctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatgtatttatattgcaaatattttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213617680|gb|DB959348.1|DB959348
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGA
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGA
EST: gi|209713367|gb|BW653864.1|BW653864
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|18040443|gb|BM308737.1|BM308737
EST:     AACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|254325882|gb|GR838763.1|GR838763
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|26046005|gb|CA783377.1|CA783377
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|254347507|gb|GR853756.1|GR853756
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|22524163|gb|BU082974.1|BU082974
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|151408828|gb|EV278636.1|EV278636
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|213600867|gb|DB968831.1|DB968831
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|18733245|gb|BM527500.1|BM527500
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|192299043|gb|FG992834.1|FG992834
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|298190099|gb|HO032220.1|HO032220
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|254325881|gb|GR838762.1|GR838762
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|21602015|gb|BQ612346.1|BQ612346
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|298186333|gb|HO036966.1|HO036966
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGA
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGA
EST: gi|193453230|gb|FK419482.1|FK419482
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|23727299|gb|BU761679.1|BU761679
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|298167477|gb|HO012740.1|HO012740
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|20814466|gb|BQ298944.1|BQ298944
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|213614186|gb|DB956798.1|DB956798
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|209705405|gb|BW678522.1|BW678522
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|6481697|gb|AW200968.1|AW200968
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|213608473|gb|DB974730.1|DB974730
EST:     AACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCATAGCATAAGAGTGTGAGAGAACTTATTAACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|151404152|gb|EV273962.1|EV273962
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAACCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|192294789|gb|FG987478.1|FG987478
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|11689677|gb|BF597353.1|BF597353
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|15285859|gb|BI469750.1|BI469750
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|213604903|gb|DB956306.1|DB956306
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|192294006|gb|FG987175.1|FG987175
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|8402790|gb|BE058424.1|BE058424
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|209700311|gb|BW664537.1|BW664537
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|151407554|gb|EV277369.1|EV277369
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|298169215|gb|HO020575.1|HO020575
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|209705304|gb|BW667975.1|BW667975
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|192298153|gb|FG991673.1|FG991673
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|18040444|gb|BM308738.1|BM308738
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|213598951|gb|DB964526.1|DB964526
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|18039795|gb|BM308097.1|BM308097
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|18041158|gb|BM309461.1|BM309461
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|8284696|gb|BE022238.1|BE022238
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|193633177|gb|FK585143.1|FK585143
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|58016222|gb|CX702964.1|CX702964
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|192296243|gb|FG991569.1|FG991569
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|193467934|gb|FK431745.1|FK431745
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATT-ACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|10845839|gb|BF068880.1|BF068880
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCANATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|26058987|gb|CA801901.1|CA801901
EST:     AAAGCCTCAGCCCACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|15664210|gb|BI701581.1|BI701581
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|193700623|gb|FK636414.1|FK636414
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|209705404|gb|BW678521.1|BW678521
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|31460747|gb|CD402775.1|CD402775
EST:     ACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCNAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: ACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|17023798|gb|BM094832.1|BM094832
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|14258689|gb|BG881597.1|BG881597
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGACTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|298176382|gb|HO023083.1|HO023083
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCT
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCT
EST: gi|9564858|gb|BE474367.1|BE474367
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|21594106|gb|BQ610054.1|BQ610054
EST:     AGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
EST: gi|151404236|gb|EV274046.1|EV274046
EST:     AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGG                         ATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG
genomic: AAAGCCACAGTGAACATGCTGCACAGAGTTGAGCCCTATGTGACTTATGGgtatgtttac ... tttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG
                          tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                     cttctgcttttgtttt  putative PPT
        attataggtttttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttacttccctgccatacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA