1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tttcaatacctttatgaaattatgatcttgttctcaatagtagattagtattgtttcaaaatatttgggatacttaaagctttgtttgatatggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTCCCGATTCCATCAAGACATTTGGTGAAGCATTGGATAAGACCCAGACCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G17600.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|16344823|gb|BI970418.1|BI970418
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|193644454|gb|FK589920.1|FK589920
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: TGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|254341878|gb|GR853015.1|GR853015
genomic: TGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|7028539|gb|AW458322.1|AW458322
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTGTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|58018976|gb|CX705718.1|CX705718
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|7924705|gb|AW830731.1|AW830731
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTTGGEST: gi|193593303|gb|FK548929.1|FK548929
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATT-GG
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|193360606|gb|FK328162.1|FK328162
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: TGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|192314966|gb|FK010784.1|FK010784
genomic: TGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGGTTAGATATTGGTEST: gi|13312589|gb|BG406240.1|BG406240
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|193567235|gb|FK523362.1|FK523362
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|192306299|gb|FG995093.1|FG995093
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|207753511|gb|GD722829.1|GD722829
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: AGACAAGTTTGCTTGCTGATTGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|18732324|gb|BM526992.1|BM526992
genomic: AGACAAGTTTGC-TGCTGA-TGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|207828235|gb|GD801234.1|GD801234
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGAATGGGATTAGATATTGGEST: gi|58019207|gb|CX705949.1|CX705949
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGA-TGGGATTAGATATTGG
EST: CAACCGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGATAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTEST: gi|17023004|gb|BM094030.1|BM094030
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
EST: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAG ACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
genomic: CAACTGATGTGGTCATAGCAGACAAGTTTGCTGCTGATGCTAACAGCAAGgtactgcttt ... atggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGT
tagtattgtttcaaaatatttgggatacttaaagctttgtttgatatggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTCCCGATTCCATCAAGACATTTGGTGAAGCATTGGATAAGACCCAGACCG
gtttgat putative branch site (score: 5)
ttgtttcaaaatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcaatacctttatgaaattatgatcttgttctcaatagtagattagtattgtttcaaaatatttgggatacttaaagctttgtttgatatggttgcagACTGTGCCAGCATCAAGCATCCCAGACGGGTGGATGGGATTAGATATTGGTCCCGATTCCATCAAGACATTTGGTGAAGCATTGGATAAGACCCAGACCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- -caatacc
- - - - - - - - - - - - - cttgttc