1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gcaagtgcacaatcttgatttccttgttcaccattccaccattctagtccttaaaataagaattcttactagttaatttaataattttattttaatcttctcaccctgataataatagGTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAAGCTGCAAAACTCCTCCTTGCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G07670.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAG GTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAAEST: gi|163926925|gb|EH038506.1|EH038506
genomic: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAGgcaagtgcac ... ataataatagGTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAA
EST: AACTTAGGCCATCTTATTTTGTTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAG GTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAAEST: gi|298185371|gb|HO030584.1|HO030584
genomic: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAGgcaagtgcac ... ataataatagGTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAA
EST: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAG GTCTGCCTCTGEST: gi|298173449|gb|HO016785.1|HO016785
genomic: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAGgcaagtgcac ... ataataatagGTCTGCCTCTG
EST: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAG GTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGTTGGTTTGGAA
genomic: AACTTAGGCCATCTTATTTTATTATCAATGGTTTTATTTACTTGATACAGgcaagtgcac ... ataataatagGTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAA
tcttactagttaatttaataattttattttaatcttctcaccctgataataatagGTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAAGCTGCAAAACTCCTCCTTGCAG
tagttaatttaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcaagtgcacaatcttgatttccttgttcaccattccaccattctagtccttaaaataagaattcttactagttaatttaataattttattttaatcttctcaccctgataataatagGTCTGCCTCTGGATTTACATGAGTGTAAGCAAAACTGCAGCTGGTTTGGAAGCTGCAAAACTCCTCCTTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC