Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttcaatcttctgtaagttagtcttgttcttatgcatctgttacaggagctctatgaggtatatctttcattgtctgataggacccttttcttattttttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCGCCTCTTATACCTGACCTCTTAGGTATCATTGCAGGACATCTGTACTACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03630.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192308725|gb|FG999764.1|FG999764
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|213599245|gb|DB960013.1|DB960013
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|151406483|gb|EV276298.1|EV276298
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|192332520|gb|FK025625.1|FK025625
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|193360005|gb|FK326749.1|FK326749
EST:     TAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: -AGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|42723245|gb|CK769144.1|CK769144
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|8827592|gb|BE211322.1|BE211322
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTNTGGATGTCATTTATGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|19452471|gb|BM953881.1|BM953881
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|298172446|gb|HO019486.1|HO019486
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCA
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCA
EST: gi|298183475|gb|HO028688.1|HO028688
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|22524785|gb|BU083596.1|BU083596
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|298169339|gb|HO020699.1|HO020699
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|21887095|gb|BQ740308.1|BQ740308
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|192332519|gb|FK025624.1|FK025624
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|298171588|gb|HO021180.1|HO021180
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATG
EST: gi|192308389|gb|FK001347.1|FK001347
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|192308360|gb|FK001346.1|FK001346
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
EST: gi|22522837|gb|BU081648.1|BU081648
EST:     GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAG                         GCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG
genomic: GAGAATTTCCAAATGCCCAAATCAACATATACGGGCTTGTTGCACTTAAGgtatgtttca ... ttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgaggtatatctttcattgtctgataggacccttttcttattttttttccccagGCCTTCTATCTTCCATGGGCGATGCTGGCTTTGGATGTCATTTTTGGATCGCCTCTTATACCTGACCTCTTAGGTATCATTGCAGGACATCTGTACTACT
                   gtctgat  putative branch site (score: 4)
                              cccttttcttattttt  putative PPT
                                 ttttcttatttttttt  TA-rich tract