1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tagatagtcctttcaatcttaaactgatgatcaagccactattttgacatgtacgtatgagattacatctgttaactaacctgattgtcattatgatcagGGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTGAAATGCTTATCGGTAGAAGAGCATTAGACAAGAGCAGGCCTAGCCGAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G03070.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTG GGACATTTGACAGCEST: gi|192326778|gb|FK018905.1|FK018905
genomic: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTGgtgagttacc ... ttatgatcagGG-CATTTGACAGC
EST: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTG GGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTGEST: gi|20811856|gb|BQ296334.1|BQ296334
genomic: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTGgtgagttacc ... ttatgatcagGGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTG
EST: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTG GGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTGEST: gi|298188842|gb|HO035535.1|HO035535
genomic: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTGgtgagttacc ... ttatgatcagGGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTG
EST: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTG GGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTG
genomic: ACGAGTAATGGGCACATATGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTCATGACTGgtgagttacc ... ttatgatcagGGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTG
gacatgtacgtatgagattacatctgttaactaacctgattgtcattatgatcagGGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTGAAATGCTTATCGGTAGAAGAGCATTAGACAAGAGCAGGCCTAGCCGAGA
ttaactaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagatagtcctttcaatcttaaactgatgatcaagccactattttgacatgtacgtatgagattacatctgttaactaacctgattgtcattatgatcagGGCATTTGACAGCTCGAAGTGATGTGTATGGTTTTGGGGTGGTGCTACTTGAAATGCTTATCGGTAGAAGAGCATTAGACAAGAGCAGGCCTAGCCGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG