Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcttaaacattggatgaaatcccactatcattacattttttttggttagttgttgatgttgagtatcaccatattctgtatatattctgtctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGATGGCCTTTGGGATGTCTATAATAACTTTGGCATGGGTGCTTGTGCCGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G39870.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G39870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv18s0089g00570.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------tgcttaaacattggatgaaatcccacta-tcattacattttttttggttagttgttgatgttgagtatcacc-atat-tctgtatatattctg---tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGATGGCCTTTGGGATGTCTATAATAACTTTGGCATGGGTGCTTGTGCCGAA
                                                              | || |     || | |||           || ||||| || ||    |  ||  | ||   ||| |    | || | |||      | ||||   |   |||||| || ||||||||||  || || ||||| ||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||  | ||||| ||||    |||||| |||
gttagctttttgggtcatgtgatcaattatgtctattgagttgcttgcttagtttaacatgattctcagtatgtgaacgaagcatgttgggccagtacatattgttgccgttcttactaatagggagaagtgtctatgtatctaagctgactctgagcttataaacagAAATGGATCTCGATTAGGCCATGATACTATTGTTGATGGTATGGCCAAAGATGGCCTCTGGGATGTTTACAACGATTTTGGAATGGCAATTTGTGCAGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7796605|gb|AW782002.1|AW782002
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAG                         GAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCCAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgctttt ... tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: gi|27445805|gb|CA952928.1|CA952928
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAG                         GAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgctttt ... tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: gi|19347568|gb|BM892448.1|BM892448
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAG                         GAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATG
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgctttt ... tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATG
EST: gi|192299493|gb|FG990802.1|FG990802
EST:     GTGGTATGGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAG                         GAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
genomic: GTGGTATGG-AAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgctttt ... tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: gi|151402278|gb|EV272091.1|EV272091
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAG                         GAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgctttt ... tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
EST: gi|254317259|gb|GR826204.1|GR826204
EST:     GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAG                         GAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGCACCTAAGTACCTTGCAGAGGCCAGgttcgctttt ... tctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttagttgttgatgttgagtatcaccatattctgtatatattctgtctaaaacagGAAAGGATCTCGATATGGACACGATACCATCATTGATGGTATGGTCAAAGATGGCCTTTGGGATGTCTATAATAACTTTGGCATGGGTGCTTGTGCCGAA
                                            gtctaaa  putative branch site (score: 3)
                                        ttctgtct  CT-rich tract
                          atattctgtatatatt  TA-rich tract