Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtatggtttaactaagcattttcctatctttattgccaattataattaatttcagtacttgtaagagcaaaatgtgttattagttattattattctcaaatttatggtactcactcattggttttctccctttctctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G07250.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G07250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT4G01330.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gttagtatggtttaactaagcattttcctatctttattgccaattataattaatttcagtacttgtaagagcaaaatgtgttattagttattattattctcaaatttatggtactcactcattggttttctccctttctctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGT
                                      |  | || |  ||| ||      | | ||  |  |  || ||||      |||||    | |||||||  ||  |  || |  |||  ||  |   ||| |   | || || |||||||| || |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| | |||||||| |||||| | ||||||||  |||| || ||||||| |
--------------------------------------gtaagttgtttttagttg----gcatatataaatatgat-tgttggatagtattaaggatttcaaattcttgaaaaacatt--ttgtcttgattggtttgt---tatgtagATATGTTGCGCCTGAGTATGCTTGCACCGGAATGTTGACAGAAAAGAGTGATATCTATAGTTTTGGGATATTAATCATGGAGATAATCACCGGAAGAAAT

upper sequence: GLYMA07G07250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv15s0046g02030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gttagtatggtttaactaagcattttcctatctttattgccaattataattaatttcagtacttgtaa-gagcaaaatgtgttattagttattattattctcaaatttatggtactcactcattggttttctccctttctctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGT
                                              || |  |||||  |  | |||| ||    |   |   || |  |   ||  |    | |||| || || |  | || ||| ||||                ||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||| || ||||| ||||| || || || || || |||||  ||||| | || |||| |
--------------------------------------------gttagtccatttcctt-ttggtaatgaatcgaccttcacataaaatggcatattgagaagatttctgatattt-cccaatggctttc----------------cagGTATGTTGCACCAGAATATGCTTGCACTGGTATGCTGAATGAAAAAAGCGATGTTTATAGCTTTGGAATTCTTATTATGGAGATAATTTCAGGCAGAAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16348962|gb|BI974557.1|BI974557
EST:     TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGG                         TTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
genomic: TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGGgttagtatgg ... ctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
EST: gi|208318787|gb|GE112402.1|GE112402
EST:     TTGTCAGCGGATCATAGTTATGCCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGG                         TTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
genomic: TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGGgttagtatgg ... ctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
EST: gi|151404308|gb|EV274118.1|EV274118
EST:     GGATCATAGTTATGATCCCCACTCGAGTGATGGGGACATTTGG                         TTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
genomic: GGATCATAGTTATG-TCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGGgttagtatgg ... ctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
EST: gi|11413881|gb|BF425892.1|BF425892
EST:     TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGG                         TTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
genomic: TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGGgttagtatgg ... ctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
EST: gi|11413988|gb|BF426063.1|BF426063
EST:     TGTCAGCCGAAT-ATAG-TATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGG                         TTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
genomic: TGTCAG-CGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGGgttagtatgg ... ctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
EST: gi|51335712|gb|CO979578.1|CO979578
EST:     TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGG                         TTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA
genomic: TTGTCAGCGGATCATAGTTATGTCACTACTCGAGTGATGGGGACATTTGGgttagtatgg ... ctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattctcaaatttatggtactcactcattggttttctccctttctctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGT
                 tactcac  putative branch site (score: 1)
                 tactcactcattggtt  CT-rich tract
     tcaaatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtatggtttaactaagcattttcctatctttattgccaattataattaatttcagtacttgtaagagcaaaatgtgttattagttattattattctcaaatttatggtactcactcattggttttctccctttctctttctgcagTTATGTTGCACCAGAGTATGCATGCACTGGAATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT