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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaggattttcgtttttttgcgtttggattttgtggcatggcgcgtgtggggaacgtaaattgatgagcgcgtgtgtgtgttgtggcgcagGTGAAGGTGTGTAACGGGAAAGTGGTGCACGTCGAGGCTTGCAGAAAGGGGTTTTACAGCGTTGGGAAGCAGCGGATACTGTGCCATAATCTGGTTGATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G06160.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151404010|gb|EV273820.1|EV273820
EST:     GGCGGCACGTGGAGGAGATATCGGAGGAGGA-TATCTGTTCTCGCTGGAT                         GTGAAGGTGTGTAACGGAAAAGTGGTGCACGTCGAGGCTTGCAGAAAGGGG
genomic: GGCGGCACGTGGAGGAGATATCGGAGGAGGATTATCTGTTCTCGCTGGATgtgaggattt ... tgtggcgcagGTGAAGGTGTGTAACGGGAAAGTGGTGCACGTCGAGGCTTGCAGAAAGGGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catggcgcgtgtggggaacgtaaattgatgagcgcgtgtgtgtgttgtggcgcagGTGAAGGTGTGTAACGGGAAAGTGGTGCACGTCGAGGCTTGCAGAAAGGGGTTTTACAGCGTTGGGAAGCAGCGGATACTGTGCCATAATCTGGTTGATC
                      aattgat  putative branch site (score: 4)
                    taaattgat  TA-rich tract