Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaaattcttttcaactatttagaacattaatgggaattaatcaaatgactgtttacacatcgacactaattattcttcctcttttttttttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGATCACCATTGATTGCATCCTTCAATTAAATCTGGAATAAATTCTGGAAAGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G03680.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31308540|gb|CD393743.1|CD393743
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|192330937|gb|FK023110.1|FK023110
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|37997246|gb|CF808835.1|CF808835
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|193557652|gb|FK511965.1|FK511965
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31476276|gb|CD418304.1|CD418304
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|58024911|gb|CX711652.1|CX711652
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31464153|gb|CD406181.1|CD406181
EST:     CCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: CCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|254334850|gb|GR844635.1|GR844635
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|120496663|gb|EH224830.1|EH224830
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|31306843|gb|CD392046.1|CD392046
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|120496630|gb|EH224797.1|EH224797
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
EST: gi|15812956|gb|BI785231.1|BI785231
EST:     TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTT                         CTTGAATTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT
genomic: TGGAGAAAGACAAGCCCCATGAATGTCCAGTGTGCGCACAGTATTTTGTTgtaagttcat ... ttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgactgtttacacatcgacactaattattcttcctcttttttttttttaaacagCTTGAAGTGGTAGGACCTGGTGGACCACCCGATGGACATGGTGATGATGATCACCATTGATTGCATCCTTCAATTAAATCTGGAATAAATTCTGGAAAGA
                   cactaat  putative branch site (score: 2)
                   cactaattattcttcc  CT-rich tract
                      taattattcttcctct  TA-rich tract