Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtttaactccattccaagttctttctatgtttcctgtttggttttaatggttttatatttttgattcactctatgatggatgttctgtatgcttatacagGACTTCTTTGAAGATGTTGGACCACTGCTTAGCATGCAGTTGGGAGGCCAAGCTCTCGAAGGATTGTTTCAAGTATTTAACTCCTATGTGAACATGCTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00570.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G00570.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0018g01920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtttaa-ctccattccaagt--tctttctatgtttcctgtttggttttaatggttttatatttttgattcactctatgatggatgttctgtatgcttatacagGACTTCTTTGAAGATGTTGGACCACTGCTTAGCATGCAGTTGGGAGGCCAAGCTCTCGAAGGATTGTTTCAAGTATTTAACTCCTATGTGAACATGCTCA
|||||  ||||||   | ||  |||   |   ||    |||   |  |  ||  ||| |  || || |||  |   || || || |||    || |  | ||||| |||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||| ||| | || ||||| ||||| || || ||||| || ||||||||  ||||||
gtttattctccatggaatgtggtctaatttgattcttggttccataatggtgactttttccttatggttcttt---tgctgcattttccaattgttcttgcagGATTTCTTTGAGGATGTAGGACCACTCTTAAGCATGCAGTTAGGAGGTCAAACACTTGAAGGCTTGTTCCAGGTGTTTAATTCATATGTGAATTTGCTCA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatggttttatatttttgattcactctatgatggatgttctgtatgcttatacagGACTTCTTTGAAGATGTTGGACCACTGCTTAGCATGCAGTTGGGAGGCCAAGCTCTCGAAGGATTGTTTCAAGTATTTAACTCCTATGTGAACATGCTCA
     ttttatatttttgatt  TA-rich tract