Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaaaccatcattaattcatcatcagtttctgtgaaaacaatgaacagttcactatttgtgtattaactggaaggaatttgtgcagGTAGCTACTCGTGCAGGTGGTTTATCTGCTATCATTGTCGTTGGTATGGCCGTAATTGGTATAGCTGTCCTTTATGCCACATTTTATGTTTGGTTGGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00350.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G00350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
------gttaaaccatc-attaattcatcatcagtt--tctgtgaaaac---aatgaacagttcactatttgtgtattaactggaaggaatt-tgtgcagGTAGCTACTCGTGCAGGTGGTTTATCTGCTATCATTGTCGTTGGTATGGCCGTAATTGGTATAGCTGTCCTTTATGCCACATTTTATGTTTGGTTGGGAG
      ||| |     | | || |     |  |  |   |  | ||||    ||     |  ||  ||||| | |  |||  ||||   ||  ||||||| |||||  |||||| |||||||| |||||  |  |||| ||||||||||| ||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |
ttccaggttcattttcctaatagtgaggaaaaaaataacccatcaaaatttaaacaggaaaatctatatttcttttgtaataggaaaatatcatgtgcagATAGCTGTTCGTGCTGGTGGTTTCTCTGCCCTTGTTGTTGTTGGTATGGCTGTAATTGGTGTTGCCATCCTTTATGCCACATTTTATGTTTGGTTGGGCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgaaaacaatgaacagttcactatttgtgtattaactggaaggaatttgtgcagGTAGCTACTCGTGCAGGTGGTTTATCTGCTATCATTGTCGTTGGTATGGCCGTAATTGGTATAGCTGTCCTTTATGCCACATTTTATGTTTGGTTGGGAG
                              tattaac  putative branch site (score: 1)
                      tatttgtgtattaa  TA-rich tract