1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagagaagtgcttcccattgtatggtttatggtttataaacatgcaaatctctgtactttgtcatgctgatgtgatctaaaacttcaatcaattatatttttgccattcattgttattatattagttcaattttcattttggctctttatttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTTATGTTGTCAGCCTGTGCCTTGTTCTCTAAAACTTGGATTGAAGTCTCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G32680.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|10255666|gb|BE823432.1|BE823432
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGNNNNTGGTATTGCATACTACATCACTGCNNCTTCCAG CNTNGCTGATATNNNAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|37997748|gb|CF809337.1|CF809337
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|16345250|gb|BI970845.1|BI970845
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|254316637|gb|GR828174.1|GR828174
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|254327677|gb|GR834642.1|GR834642
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|207831944|gb|GD803846.1|GD803846
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|254329867|gb|GR839420.1|GR839420
genomic: CACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: GGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTA-CTTGTGTTEST: gi|7041896|gb|AW471790.1|AW471790
genomic: GGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|192309135|gb|FG999404.1|FG999404
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACGTCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|37995033|gb|CF806622.1|CF806622
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTEST: gi|7234480|gb|AW569817.1|AW569817
genomic: CAGTCTGTTCCTGTTGGTGGTATTGCATACTACATCACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
EST: CACTGCACCTTCCAG CTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
genomic: CACTGCACCTTCCAGgtaagagaag ... tttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTT
cattcattgttattatattagttcaattttcattttggctctttatttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTTATGTTGTCAGCCTGTGCCTTGTTCTCTAAAACTTGGATTGAAGTCTCT
ctctttattttt CT-rich tract
attgttattatattag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagagaagtgcttcccattgtatggtttatggtttataaacatgcaaatctctgtactttgtcatgctgatgtgatctaaaacttcaatcaattatatttttgccattcattgttattatattagttcaattttcattttggctctttatttttggcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCATTATTCTACCTTGTGTTTATGTTGTCAGCCTGTGCCTTGTTCTCTAAAACTTGGATTGAAGTCTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG