Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattcacaagacaaattattgagcaactttttctcagctagtccaattgttacttacagcatttatctcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17960.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
-----------------------------gtaattcacaagacaaattattgagcaactttttctca-gctagtccaattgttacttacagcatttatctcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACA
                             || |||  |    |    | | |    |||         |  |||| |  || ||   |  | | |  | | |    ||||| |||||  | || |||||||| |  ||||||||| | ||||| ||    ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||  ||||||
gtcagtaccctaaactttatatcctaactgttatttccttctcggtctgtagtttcactcaccaaagcgaaagtcgagatgctaaa-attgtaatcttttttgaaatagGGCCCTGGATTGTACTATGTTGACAACGAAGGAGGACGGCTTAAGGGAGACAGATTCTCTGTCGGTTCAGGTTCACCATACGCTTATGGTGTTCTGGACA

upper sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtaattcacaagacaaattattgagcaacttttt-ctcagct--agtcca--attgttacttacagcatttatctcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACA
|||||         | |||||  |   |  |||| |  | ||  | | ||  ||  | |  |      ||| |    | | ||||||||||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |
gtaatgagatttgaatattatgaaatgatcttttgcctatcttaatttcatgatcttaatctgtctactttgtggggtatgtagGGTCCTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|57574193|gb|CX547168.1|CX547168
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|192326892|gb|FK015134.1|FK015134
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|6847935|gb|AW350225.1|AW350225
EST:     GTNGAATGGGGTTATCTGNNNGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCNTNGTCTATATTATGTTGATAGTGAANNNGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|192317518|gb|FK008970.1|FK008970
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAA
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAA
EST: gi|151396982|gb|EV266855.1|EV266855
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|6724865|gb|AW309264.1|AW309264
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|214005036|gb|DB985660.1|DB985660
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|209722634|gb|BW682710.1|BW682710
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
EST: gi|209696469|gb|BW664018.1|BW664018
EST:     CTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: CTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|57574361|gb|CX547336.1|CX547336
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|9440180|gb|BE440690.1|BE440690
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|209722635|gb|BW682711.1|BW682711
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|31306894|gb|CD392097.1|CD392097
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|17023638|gb|BM094672.1|BM094672
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGA
EST: gi|120532998|gb|EH261131.1|EH261131
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTG
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTG
EST: gi|17519310|gb|BM188352.1|BM188352
EST:     TGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: TGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|254332573|gb|GR846511.1|GR846511
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|120533057|gb|EH261190.1|EH261190
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|151402945|gb|EV272758.1|EV272758
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATATTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|208181316|gb|GD978041.1|GD978041
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|213599779|gb|DB968429.1|DB968429
EST:     TGGAATGGGCGT-ATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGAT
genomic: TGGAATGGG-GTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGAT
EST: gi|192317519|gb|FK008971.1|FK008971
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|19345836|gb|BM890716.1|BM890716
EST:     GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACG                         GGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcaactttttctcagctagtccaattgttacttacagcatttatctcttttttagGGTCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACA
                            tacttac  putative branch site (score: 1)
                                     catttatctctttttt  putative PPT
                                      atttatctctttttta  TA-rich tract