Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatccttttgctttttttgtatttgaaagtcgttcctcgctactgttcttttctaaaggagaattatcataattttctatttgcttcattgtcttaagtcattttgaccctttctttctgtgtttgcatgggttccttgatttattttgacctagATTTTTCAGCAAATAAATCCCGAAGTTACAGTTAAGGCTGCAGAAATTCAGGGTGGTGCTGGCAAGTTTTTTCAGTTTGAGAGAAGGGCCGGAGACCCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G17940.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21285319|gb|BQ473190.1|BQ473190
EST:     TTAACTCGGGGGATGAGGTGGTTTTTGGTTTGCTGGGGAATCATTCTTAT                         ATTTTTCAGCAAATAAATCCCGAAGTTACAGTTAAGGCTGCAGAAATTCAG
genomic: TTAACTCGGGGGATGAGGTGGTTTTTGGTTTGCTGGGGAATCATTCTTATgtatcctttt ... tttgacctagATTTTTCAGCAAATAAATCCCGAAGTTACAGTTAAGGCTGCAGAAATTCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttgaccctttctttctgtgtttgcatgggttccttgatttattttgacctagATTTTTCAGCAAATAAATCCCGAAGTTACAGTTAAGGCTGCAGAAATTCAGGGTGGTGCTGGCAAGTTTTTTCAGTTTGAGAGAAGGGCCGGAGACCCTT
 ttccttgat  putative branch site 
                                        tttatttt  putative PPT
                                    ttgatttattttga  TA-rich tract