1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctttttgtgcttattgttgaatttgctcatgttagtaaatgtgaaagttttgatttaaaaccaacacttgctgatagatggtttgcgcttttcatgtaagGTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTTACAGCATTATGGGTCACCCATCGCTTGGAAGAACTGGAGTATGCAGATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G15900.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTTCTGTTGTTGGATGAGCTCACAACATTCTTAGATGAAGCTGACCAG GTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTTEST: gi|208150429|gb|GD950866.1|GD950866
genomic: AAGTTCTGTTGTTGGATGAGCTCACAACATTCTTAGATGAAGCTGACCAGgtaatcccca ... ttcatgtaagGTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTT
EST: TTCTGTTGTTGGATGAGCTCACAACATTCTTAGATGAAGCTGACCAG GTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTTEST: gi|8826038|gb|BE209768.1|BE209768
genomic: TTCTGTTGTTGGATGAGCTCACAACATTCTTAGATGAAGCTGACCAGgtaatcccca ... ttcatgtaagGTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTT
EST: AAGTTCTGTTGTTGGATGAGCTCACAACATTCTTAGATGAAGCTGACCAG GTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTT
genomic: AAGTTCTGTTGTTGGATGAGCTCACAACATTCTTAGATGAAGCTGACCAGgtaatcccca ... ttcatgtaagGTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTT
agttttgatttaaaaccaacacttgctgatagatggtttgcgcttttcatgtaagGTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTTACAGCATTATGGGTCACCCATCGCTTGGAAGAACTGGAGTATGCAGATG
tgctgat putative branch site (score: 3)
cgcttttc putative PPT
tgatttaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttttgtgcttattgttgaatttgctcatgttagtaaatgtgaaagttttgatttaaaaccaacacttgctgatagatggtttgcgcttttcatgtaagGTTGGGGTCATCAAAGCTGTTAGGAACTCAGTGGATACCTCTGCAGAAGTTACAGCATTATGGGTCACCCATCGCTTGGAAGAACTGGAGTATGCAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- -tttgtgc
- - - - - - - tgttgaa
- - - - - - - - - - - - - tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatggtt