Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actgagccagtattctgagcagtagcaattgattcccttcgatggtcctttaatcttacagaaattagccatacctcactctattttttttcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAACTATGCTAAATAGATAAATGATACTTCGTTTTTCTGATGATGTAAGAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15890.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209708698|gb|BW678879.1|BW678879
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|193607362|gb|FK558249.1|FK558249
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|192316855|gb|FK006082.1|FK006082
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|151403156|gb|EV272966.1|EV272966
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|213600560|gb|DB960108.1|DB960108
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|192317603|gb|FK008999.1|FK008999
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|209706472|gb|BW670831.1|BW670831
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|19345850|gb|BM890730.1|BM890730
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|193691839|gb|FK631538.1|FK631538
EST:     GGGGTCCCCACTGCTACCAAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: GGGGTCCCCACTGCT-CC-AGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|298178035|gb|HO023884.1|HO023884
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|192317604|gb|FK009000.1|FK009000
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|213603478|gb|DB966629.1|DB966629
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|31306990|gb|CD392193.1|CD392193
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|209712066|gb|BW674213.1|BW674213
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|209708699|gb|BW678880.1|BW678880
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|120530396|gb|EH258529.1|EH258529
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|151401315|gb|EV271129.1|EV271129
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|298177637|gb|HO027304.1|HO027304
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|151403653|gb|EV273463.1|EV273463
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|209711472|gb|BW665224.1|BW665224
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|213617933|gb|DB957386.1|DB957386
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|193550962|gb|FK507229.1|FK507229
EST:     ATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: ATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|213611375|gb|DB983967.1|DB983967
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|151405413|gb|EV275227.1|EV275227
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACATAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|192319047|gb|FK009071.1|FK009071
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|209711473|gb|BW665225.1|BW665225
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|209706473|gb|BW670832.1|BW670832
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
EST: gi|151404681|gb|EV274495.1|EV274495
EST:     TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAG                         TCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC
genomic: TAGGGGTCCCCACTGCTCCAGCATGGCTTCCTACGGACATGCTTATCAAGgtacagttta ... tcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctttaatcttacagaaattagccatacctcactctattttttttcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAACTATGCTAAATAGATAAATGATACTTCGTTTTTCTGATGATGTAAGAGAG
                           acctcac  putative branch site (score: 3)
                       ccatacctcactctat  CT-rich tract
                                actctatttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actgagccagtattctgagcagtagcaattgattcccttcgatggtcctttaatcttacagaaattagccatacctcactctattttttttcccttgcagTCAGAGAAACTCAATTATGAGAGGTTATGACCTACAGTTTGGGCACAGAACTATGCTAAATAGATAAATGATACTTCGTTTTTCTGATGATGTAAGAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - ttctgag
- - - - - - - - - - - - - - - - -tcccttc