1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatctggaattttatctttcattttattgtacttttttttttatttgtcaccagcttacattttgagaaatgtctgaatgagtaactatttcatcaatgatttttttcctttgtactttgtaattacactgtcttttaaacctagacagGCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAATGCTGAGAATGCTATGAAGCTGGAAGCAGCTGAAACAAAGCTGCAAGACC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G01120.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGGCAGGAAGCCGAAGCCCAG GCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAATEST: gi|151405314|gb|EV275128.1|EV275128
genomic: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGGCAGGAAGCCGAAGCCCAGgtatctggaa ... acctagacagGCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAAT
EST: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACGGAATGCGGCAGGAAGCCGAAGCCCAG GCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAATEST: gi|151395558|gb|EV265435.1|EV265435
genomic: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGGCAGGAAGCCGAAGCCCAGgtatctggaa ... acctagacagGCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAAT
EST: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGGCAGGAAGCCGAAGCCCGG GCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAAT
genomic: GGCATCTTGCTCAACGTTATGACAGAATGCGGCAGGAAGCCGAAGCCCAGgtatctggaa ... acctagacagGCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAAT
caatgatttttttcctttgtactttgtaattacactgtcttttaaacctagacagGCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAATGCTGAGAATGCTATGAAGCTGGAAGCAGCTGAAACAAAGCTGCAAGACC
tttgtaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatctggaattttatctttcattttattgtacttttttttttatttgtcaccagcttacattttgagaaatgtctgaatgagtaactatttcatcaatgatttttttcctttgtactttgtaattacactgtcttttaaacctagacagGCTATTGAAGTTTCCAAACGCCAGGCAAAAGTAAGAGAAACACCAGGCAATGCTGAGAATGCTATGAAGCTGGAAGCAGCTGAAACAAAGCTGCAAGACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA