1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtactctctccctccctctatctgctttacacttgcattcaccgccagatacgcatgcaaatgttttattttctcattgatattctgttaattacatgtaactcttttgtttagGGTTTCATGTTTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCATGATTGTGGGAAGCAGTGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGCTGCTGTCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G37590.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCAAGATGAATTTAACATTCAAACCACGCAATGTGATAATTGCATTATT GGTTTCATGTTTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCEST: gi|7042332|gb|AW472226.1|AW472226
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATTCAAACCACGCAATGTGATAATTGCATTATTgtactctctc ... ttttgtttagGGTTTCATGTTTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCC
EST: TGCAAGATGAATTTAACATTCAAACCACGCAATGTGATAATTGCATTATT GGTTTCATGTNTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCEST: gi|213620495|gb|DB957339.1|DB957339
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATTCAAACCACGCAATGTGATAATTGCATTATTgtactctctc ... ttttgtttagGGTTTCATGTTTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCC
EST: TGCAAGATGAATTTAACATTCAAACCACGCACTGTGATAATTGCATTATT GGTTTCATGTTTTGC
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATTCAAACCACGCAATGTGATAATTGCATTATTgtactctctc ... ttttgtttagGGTTTCATGTTTTGC
aatgttttattttctcattgatattctgttaattacatgtaactcttttgtttagGGTTTCATGTTTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCATGATTGTGGGAAGCAGTGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGCTGCTGTCTT
atgtaac putative branch site (score: 3)
ctcttttgttt CT-rich tract
atattctgttaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactctctccctccctctatctgctttacacttgcattcaccgccagatacgcatgcaaatgttttattttctcattgatattctgttaattacatgtaactcttttgtttagGGTTTCATGTTTTGCCTTCAACAAATTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCATGATTGTGGGAAGCAGTGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGCTGCTGTCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT